同年5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时分吹起大风，皇甫嵩下令命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
同年6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值灵帝派左丰视察军情。卢植大营中，有一位大将站出来说：“将军我们要不要贿赂左丰。”但卢植听后大怒道：“你若在要我听到这种话，你就辞官吧，我等坚信清廉是为官之本。决不能做讨好别人之事。”左丰在大营中呆了数日也不见有人送上财宝。大怒道：“好你个卢植，你是正人君子。好，等着瞧。”左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人“五斗米师”张修攻打郡县，但未受到汉室重视。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，洛阳早朝上，一位文官站出来说：“陛下，朱隽久攻不下赵弘，建议让他班师回朝。”幸好此时张温站出来说：“陛下，臣不建议让朱儁回朝，臣觉得赵弘不是泛泛之辈，再过一段时间朱儁定能击败赵弘。”，灵帝听了以后说：“那朕再给他一段时间，如果还是战胜不了赵弘，就给朕回朝，别在外面丢人现脸。”朱儁急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱儁又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于十一月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。
;