利玛窦一惊，衰弱的身子忽地坐了起来，一边服侍的龙华民、庞迪我、钟鸣仁等赶紧拥上来扶住他。利玛窦把手中的台湾版《几何原本》翻到了前几章，匆忙看了一下，面露古怪之色。他把书交给龙华民，结果龙华民看了以后也是一脸迷惑。
徐光启翻译的《几何原本》前六卷把一些例题删除了，没有刊印：台湾版则把这些内容全恢复了，明显是用来作为课堂上的教学实践的。同时，，台湾版还有大量利玛窦、徐光启还没来得及翻译的后九卷内容。同时，尹峰得宜于当年良好的初高中数学教育，大量用希腊字母带入公式说明中，还直接把后世的计算符号盗用了一番。这本逻辑推理严密，由公理、公设、定义出组成完备的体系的《几何原本》，在尹峰引入后世的希腊、拉丁字母符号和运算符号之后，就显得更加清晰有条理、易于理解了。
这简直把在场的利玛窦等人惊呆了。《几何原本》翻译成中文后，只引起了少部分士人的兴趣，很多人根本无法接受欧几里得严密的逻辑体系。《几何原本》所代表的逻辑推理方法，再加上科学实验，是世界近代科学产生和展的重要前提。换言之，《几何原本》的意义不单单是数学方面的，更主要的乃是思想方法方面的。《几何原本》由公理、公设出给出一整套定理体系的叙述方法，和中国古代数学著作的注重实用性的叙述方法相去甚远。
利玛窦曾经在给耶稣会总部写的信中，说当时整个中国只有两个人真正理解了《几何原本》的内容：徐光启和李之藻。
现在，台湾中华联合公司的大东家、总管尹峰成了第三个。实际上，尹峰只是一边看葡萄牙文版《几何原本》，一边回忆中学数学学过的内容，就这样马马虎虎翻译出来的；当然，也才参考了巴拉达斯神父和一些欧洲人的意见。
利玛窦叹了一口气：“太迟了，我真的应该去台湾看看这位神秘的船主大人的。尼可拉斯，您一定要去认识一下这位朋友。他现在控制着东亚的海洋，很可能会成为大人物，您应该去和他交朋友。哦，他有一位天主教徒妻子，对吧？”
巴拉达斯点点头：“是的，这位妻子来自马尼拉，是在圣方济各修道会受洗的。”
利玛窦似乎耗尽了精力，无力地躺下了，喘了一阵粗气后，他张开眼喃喃道：“巴拉达斯神父，一定要和尹峰船主成为朋友，他真是……”他的话没有说完，就似乎沉沉睡去了。
161o年5月9日，按照天主教习俗，利玛窦在病榻上领临终圣体，次日，领终傅圣事，5月11日（农历闰三月十九日)傍晚(约下午六七时)，耶稣会中国传教会驻北京的全体人员对这位“圣人”、“中国的圣.多默”逝世表示哀悼。中国籍修士画家钟鸣仁将利玛窦的遗容画了下来——这项工作在原先的历史时空中，是尤文辉做的，只是现在尤文辉被尹峰打到欧洲去了，这活就落到了同样具有良好绘画天分的钟鸣仁头上。
李之藻这时生病在家，他派一个当差通知教会，不要为棺材担优，他个人愿意提供一切殡费。两天后，利玛窦遗体收硷入棺。棺材抬到教堂，举行弥撒之后，又抬回寓所，放在灵台上、供大家吊唁。
此刻，台湾港的尹峰还不知道；耶稣会中国传教会已经把台湾传教工作当做了在中国传教的重点地区之一。龙华民接任会长一职后，第一次外出就是选择了去台湾考察。
尹峰正在重新整顿军队：他已经把军衔制的实行在中华军内部全面推广了。由下士、中士、上士三级士官军衔开始，一直到校一级，基本是尹峰照搬盗用了后世军队的军衔名称。
同时，军校开始分级，作为台湾军校的总体结构之下，分出了士官学校、军官学校、炮兵技术学校、水军学校等等。同时，新兵训练体系也进行了改进，每一名士兵征募入伍后，无论是战斗兵还是通信员一类的辅助兵、后勤兵，都要经历一番严格的训练，然后从新兵训练成绩中划分档次，分别安排新兵进入部队基层。
新兵训练主要包括了军事礼仪、刺刀训练、指令训练、野战训练、内卫训练、射击掷弹训练、检阅、复习等8个大项，为期约两个月；然后新兵下到基层部队后，训练内容侧重武器训练、身体素质训练、守备训练、野战训练4个大项。
虽然还没有确切的情报，但是西班牙人对马尼拉的反攻，已经迫在眉睫了。