叶华指挥飞龙号和新兴号，满载着在里斯本没有卖完的货物，启程前往意大利罗马。
曾山在船队刚刚起航时，完全是抱着自暴自弃的念头参加远航的；但是，穿越印度洋时，他已经被世界之大震惊了；当船队绕过好望角时，船上的荷兰水手告诉他这里已经距离中国两万里了，他心目中的中国中心主义的文化优越感已经摇摇欲坠了。当他看到雄伟的罗马城、金碧辉煌的梵蒂冈大教堂等建筑时，把欧洲人视作蛮夷的观念开始崩溃了。当他看到巍峨高耸的古罗马斗兽场、连绵百里结构复杂精巧的古罗马引水渠时，特别是得知这些建筑是相当于中国前汉时期建造并保留至今的，曾山的文化优越感基本崩溃了：这样雄伟的建筑只可能是文明人建造的，欧洲人和他心目中边疆草莽蛮夷完全不是一回事。
虽然，他自始至终对欧洲各国的政治体制没有好感，但是终久已经放弃了坐井观天式的自我中心的文化优越感，开始以平等的眼光审视欧洲人和他们的文明世界。不过，他始终对天主教很怀疑，主要原因在于他母亲是信佛的。
曾山在罗马留下了几中文诗，并写了一些字帖，这些作品放在中国不过是二流的东西，但是却成为了后世考古学家和收藏家的最爱。
尹峰后来感到非常可惜，如果不是曾山这样的二流文人，而是当时中国的主流文化代表人物去一趟欧洲，可能会产生的影响真的是不可预料的。可惜，这时期的中国主流文化的代表人物：官绅士人阶层基本上不会有人想到要出国考察的。
曾山拜见教皇保罗五世后，并没有成为天主教徒；随行的尤文辉等中国籍耶稣会修士则得到了教皇保罗五世的嘉奖。
曾山一行后来在贝尔纳多陪同下，还周游了欧洲各国。这时期的欧洲难得地没有大规模战争生（北欧、东欧各国还在打仗，总得来说规模不大），因此，曾山看到的欧洲是经济文化都在快展的欧洲。
在返航时，中国商船队搭载了英国、法国、意大利、荷兰、葡萄牙等各国商人极其货物，还顺便捎带上了为尹峰收集欧洲科技书籍的耶稣会传教士金尼阁。
金尼阁由于乘坐的是熟悉海路的葡萄牙商船，比叶华船队早了几个月回到欧洲。他尽心竭力为尹峰搜罗书籍，回航中国时，他和助手总共带了6ooo多卷这些书都是尹峰船主指明要得，因此让金尼阁上了新兴号船。
但是，他们的船队再次停靠葡萄牙的里斯本时，却遭到了西班牙海军的驱逐：他们被告知，西班牙帝国不欢迎中国商船队。一些葡萄牙商人偷偷告诉叶华：西班牙军队已经开始动员兵力，准备反攻吕宋岛了。如果不是中国船队搭载了大批欧洲商人和欧洲货物，甚至也有西班牙商人的货物在内，西班牙帝国海军一定早就开始进攻叶华船队了。
叶华心急如焚，好在回航的路线已经熟门熟路，还有欧洲商人指路，所以他们很顺利地离开欧洲。在好望角附近，船队忽然遇到了强劲的暴风，两艘二桅船触礁搁浅。在船上货物被转移之后，叶华不得不放弃了这两艘船。
这一此海难，有三名中国水手遇难；同时由于船队中的其他船都已满载，人员处在饱和状态，失事船只上的13o名中国水手不得不留在了好望角，成为了这一片非洲最南方的荷兰殖民地最早的中国移民。
1612年，万历四十年八月，离开欧洲之后的第十一个月，叶华船队剩下的船只顺利进入台湾港，中国人第一次远航欧洲大体上算圆满结束了。
西班牙军队已经出的消息，也伴随着叶华船队返航，来到了台湾港的人们耳中。