扬州城原先的官僚并未全部被杀，刘香只是把他们抓住后关入大牢。但是，扬州“打行”的帮会分子冲入大牢救人后，一把火烧了大牢，结果把那些扬州官员也基本烧死在内了。因而，当中华军完全撤离扬州后，扬州城内基本没有了能代表明帝国权威的人物存在了。
那些被中华军保护的店铺、商户，有的已经跟着刘香暂时撤离扬州，随着中华军离开城市去乡下避难。中华军还招收了一些工匠，连他们全家一齐搬上船带走。
整个扬州城的老实百姓都眼红了，越来越多的人冲上街头，去府库官仓抢运任何东西：粮食可以吃、铁器可以用、布匹丝绢都可以用来量体裁衣，……那些一开始胆小怕事躲在家中的人看到有人满载而归，开始后悔不及，以更疯狂的姿态加入到抢劫行列，各家官署衙门的门窗都被拆走，官府内的桌椅板凳都开始有人搬了。当然，在抢劫中死亡的人也多起来，各家商户被杀的也有不少人。那些有钱人和士绅都闭门不出，聚族死守大门，不时和各路抢劫人马发生冲突。有好几片街区，被抢劫者放火烧毁，城中数千人无家可归。
徐光启等人来到扬州城北时，遇到的就是一座完全处在无政府状态的城市。
徐光启的招抚行动，一开始就很不顺利。他们在扬州城北斑竹园提心吊胆等了两天，才等到京营士兵赶到。然后，京营部队出发去“收复”扬州城，结果和同样去“收复”扬州的淮扬总兵丁耀民所部明军发生“误会”，差一点就自己人之间干了仗。
丁耀民急于以“收复”扬州的功绩，来洗雪自己弃城而逃的死罪。他逃出扬州城后，没过多久就从陆续逃出来的部下那里得知了一些详情，开始清醒过来。于是，他在宝应收拢了逃散的溃兵，集中了5000余人后，向扬州城进发，几乎和京营士兵同时进城。
两军为了抢夺“收复”的头功，在府衙门口迎面相撞，几乎立刻就互相刀枪相对。
此时，扬州城内的**还没有停止，但是明军官兵并没有去维持秩序，而是也加入到了抢劫放火的行列，他们还有了更加确凿的借口：协助海寇、资敌。
不少反应迟顿的扬州人被进城的明军抓住当场砍头，不少在前几天没招来劫匪的商家，如今则被大明帝国政府军公开抢劫。
徐光启不得不出面了。他以朝廷二品高官的身份、江南总督的职权命令京营进城维持秩序，丁耀民所部退出扬州城，在南门外扎营以防御瓜洲方向的中华军。同时，他临时任命了一些扬州地方官，下令再有抢劫杀人者，无论是兵还是民立即正法。
这时，朝廷派来的各路援军也陆续到来，大明王朝使出最大努力，将山陕边兵及山东兵南调扬州，还将贵州、湖南南部的蛮兵北调武昌。这时，朝廷已经发布诏令，加重了海饷、辽饷的份额和征收范围。已经疲惫以极的大明农村社会，再次将承受整个帝国的重担。
徐光启不待扬州城内局势完全稳定，就打算继续南下，去执行自己的招抚使命。
招抚副使、南京兵部尚书、都御使盛以弘，以及使团卫队首领锦衣卫千户都劝说他不要以身犯险：瓜洲周边中华海寇依旧在四处活动，路途并不安全。此次招抚，朝廷并没有在邸报上明发上谕，也就是说，此次招抚海寇的行动，还处在保密的状态。
打从北京出发后，游文辉一直很低调地站在徐光启身后。他在此时站了出来，声称自己与海商中的天主信徒有来往，可以替招抚大使们去瓜洲打探消息。
此前，游文辉一直穿着儒服长袍、脖子上挂着银质十字架，与徐光启一起作祷告礼拜。那些朝廷官员一直以为此人是徐光启的教友或者学生，都没有注意他。
在这个时候，招抚大使的队伍中没有一个人敢于冒险前往海寇营地内联络，大家只好都指望游文辉能替他们跑一趟。
于是，大明帝国对于本国沿海实力最大的造反海寇之第二次招安行动，终于借助于一位中国籍天主教徒的大胆行动，拉开了序幕。