段飞来到西安的第三日，西安局势趋于平静，百姓们种痘也种得差不多了，那些不肯种牛痘的死硬份子，段飞也懒得强迫他们，事实会证明谁对谁错，那些人自己愿意冒死，段飞又管他作甚？
卯时正的时候，两位钦差率队离开了西安城，西安府的四座大门也几乎同时开启，滞留在城中的人们纷纷离去，不过秩序井然，已经没有前日的惊惶，许多人向西，向北而去，准备返回家乡，他们还是相信朝廷的，相信亲自示范种牛痘的钦差大人，天花对他们而言已经不是威胁了。
段飞一行离开西安后向西北度过黄河来到咸阳，因为渡河缓慢，来到咸阳已经是巳时末，大军在咸阳休整了一下，拔营的时候段飞却突然下令改道向北，大军加向平凉府赶去。
除了有限几人外没人知道为什么不先去凤翔，事实上据上官杰交代，还有分析无缘从邵珈钰那里得来的消息，此次魔教陕西传役的计划之中，平凉才是真正的重点，所以段飞对外宣称要去凤翔，虚晃一招之后却直扑平凉。
平凉市位于陇山东麓，泾河上游，是关中西去北上的古道要冲；又依六盘三关之险，自古为屏障三秦、控驭五原之重镇，是中原通往西域和古丝绸之路北线东端的交通和军事要冲，历来是兵家必争之地，魔教选择在这里动，是很有道理的。
平凉军事地位很重要，经济上也很达，它是陕甘宁三省交汇的“金三角”，陇东传统的商品集散地，素有“旱码头”之称，而且这里天高皇帝远，又不是府西安，在此展不容易被察觉，不仅隐秘而且还具有一定的缓冲性，只要西安一乱，朝廷便会忽略这些‘偏远地区’，到时候就算在平凉拉起大旗造反，只怕朝廷一时都不会察觉。
事实上情况一直按照魔教预定的步骤顺利展着，平凉的天花刚开始蔓延的时候，官府反应极慢，当现不对的时候，他们急于将事态控制住，采取了一些不必要的极端措施，譬如隐瞒不报，直接灭口毁尸等等，激起了极大民愤，并且将恐惧迅传播开，令钧天教迅招揽了许多信徒。
随后官府终于再也控制不住事态，只好逐级上报，魔教又出动高手，采用暗杀的手段阻止信息向京城传播，锦衣卫陕西分部的脑就是在这个时候被接连刺杀，以至于不能及时传回情报的。
情报好不容易传到京城的时候，以平凉为，周边府县的情况已经恶化，当官的不是被刺杀就是逃了，下边士卒逃的逃，加入钧天教的加入钧天教，魔教其实已经将平凉、凤翔、庆阳三府控制在手中，就在这时，京城里传来消息，正德传旨，命钦差段飞带一千人，其中包括五百锦衣卫以及五百名太医、翰林医官在内的大夫们出京了。
得到消息的时候魔教教主眀尊陶天雄正在西安，听说段飞才带了那么点人来陕西，他差点仰天高呼‘天助我也！’，顿时打起了袭击钦差队伍的主意，不过老奸巨猾的他布置好一切后立刻溜回平凉等候消息，随后奉命假扮难民冲击钦差队伍的人现上当，钦差一行何止一千人！那是足足五千名人手一支火枪的锦衣卫和神机营混编队伍啊！