闸船舰队开始作战一个小时后，郑成功率领的福船纵队也投入战斗。
与闸船舰队始终保持锥形不同，福船纵队它划过一条漂亮的弧线，从葡萄牙的右侧划过。
在“征东”号、“征西”号、“征北”“征南”4艘三桅福船战舰的护卫下，郑成功亲率旗舰“大将军”号，从葡萄牙舰队的前头划过。
6点25分，“大将军”号的左舷炮开始射击。
第一次舷炮齐射就击毁了盖伦帆船“费迪南德“号的尾部，使200名水兵丧失了战斗力。
交火不久，“大将军”号沿着葡萄牙舰队的右侧向后行驶，寻找敌人的旗舰。
“大将军”号的拼命搜索中，突然发现在“若昂”号后的一艘战舰上挂着海军元帅霍利斯的帅棋，他就是“若奥由公爵”号。
郑成功当即举起宝剑指着“若奥由公爵”号，高声喊道：“给我冲过去！”
副将黄悟听到顿时吓了一跳，喊道：“大将军，这样太危险了！你是主帅，这里还需要你指挥，让其舰队杀过去！”
正杀到血气翻腾的郑成功哪里听的进去，怒喷道：“怕个鸟！给我撞过去，听到没有！”
在郑成功强令下，“大将军号”调转船头，冒着炮火强行朝着敌舰冲过去。
“大将军”号利用自己的船型优势，强行将“达伽马”号撞开，利用左舷的18门火炮，向“达伽马”的舷窗中猛轰，使它遭受了极大的损毁。
“大将军”号就这样硬生生挤进了敌舰中。
看到郑家旗舰竟敢冲到自己的船舰中，哥丁霍高喊到：“快，快将敌人的旗舰给我击沉！”
五六艘佛郎机的战舰顿时调转了炮口，狠狠的轰击着“大将军”号。
被射失的炮弹激荡起的波涛海浪将“大将军”号冲地如同过山车般上下跌荡。
郑成功左手死死抓着船绳防止自己被摔出船舰海，右手高举着宝剑，浑然不顾呼啸着穿过的火炮，怒吼着：“前进，给我冲。冲过去，用炮火将对方给撕碎！”
征东南西北四艘护卫福船看到“大将军”号冲进敌军中，正遭受着敌军火炮围攻，也顾不上其他，齐齐冲进来，护在它身边，与敌军对轰。
敌我双方的距离相隔如此近，甚至对手的血都能溅到自己的脸上。
上百们火炮的炮轰下，战舰上到处都是死尸，尸体没有多少是能完整的。脑浆、断肠撒的一地都是，景象非常之凄惨。
战后收拾战友的尸体时，久经战场的老兵看到眼前的惨状，很多人都忍不住呕吐起来。
在其他船舰的护卫，“大将军”号只受了点轻伤就从敌军冲出来，直朝对方的旗舰“若奥由公爵”撞过去。
来到佛郎机的旗舰“若奥由公爵”旁，“大将军”号早已经准备好的28门火炮，立即对它展开了铺天盖地的炮击。
一枚枚炮弹将“若奥里公爵”号身上砸出了无数哥大洞，没有多久，“若奥里公爵”已经伤痕累累，
经过20分钟的猛烈轰击之后，“若奥里公爵”号已变成了一个无法控制的空船壳，
下午7点16分，被打得千疮百孔的“若奥里公爵”号战列舰沉没，提督哥丁霍在旗舰沉没时搭上小船逃上一艘小型盖伦船逃走了。
此时天色已经昏暗，郑家军的士兵已经看不清海面，让哥丁霍顺利逃上了一艘船。
佛郎机旗舰的沉没，舰队失去了统一指挥。各战舰无人指挥，只能各自为战。
不占优势佛郎机战舰，每一艘几乎要同时面对三四艘郑家舰队的围攻。
不到半小时，就有二十多艘佛郎机战舰被郑家战舰击毁，沉入海底。
逃上了盖伦战舰“马丁内斯”号，哥丁霍看着混乱，陷入危机的佛郎机舰队，终于知道佛郎机失败了，已经再也挽不回战局了。