与德川家康讲和后，羽柴秀吉正式成为了继织田信长之后的天下人。1583年，秀吉命黑田官兵卫在石山本愿寺的基础上修筑大坂城，经过一年半的时间本丸完工。九州岛丰后国的大名大友宗麟前来拜访，被其奢华程度惊得目瞪口呆，并称其为“三国无双之城”。1584年11月21日，秀吉被朝廷赐封从三位权大纳言。1585年3月10日，获封正二位内大臣。3月21日，羽柴秀吉命令各地对杂贺党进行围剿，同时命令羽柴秀长向纪伊国进军。之前，杂贺众偷袭大坂城，就是因为铃木重秀站在了秀吉一方，而使得大坂城没有被攻占。这次铃木重秀也作为先锋为讨伐军带路。同时，命小早川隆景率领毛利水军、九鬼嘉隆率领熊野水军助战，动员人数超过10万，武将有：羽柴秀长、中村一氏、仙石秀久、小早川隆景、九鬼嘉隆、铃木重秀、羽柴秀次、堀秀政、筒井顺庆、长谷川秀一、田中吉政、细川藤孝、细川忠兴、蒲生氏乡、中川秀政、高山右近、大谷吉继、池田辉政、藤堂高虎等人。
杂贺党和根来众欺负别的大名还行，对财力和兵力已经占到压倒优势的羽柴军来说，只有一败再败。加之羽柴秀吉与织田信长不同，尽量不赶尽杀绝，只要你投降，我们就来谈条件。3月23日，根来寺一场大火烧了3天，根来众就此灭亡。3月24日，与铃木家对立的杂贺党领导人土桥平丞，带领部下坐船向四国岛逃去，杂贺党也随之覆灭。之后，纪伊国南部的堀内氏善向藤堂高虎投降，纪伊国平定。
1585年4月，秀吉对常常威胁自己的四国岛大名长宗我部元亲展开交涉，但因为领土分配的问题没能达成一致，最后准备开战。1585年5月4日，秀吉命黑田官兵卫为先锋，进入淡路国。并下令和泉国和纪伊国众人调集船只，集结待命。6月16日，羽柴秀长率兵出淡路、宇喜多秀家率兵出备前、毛利辉元率兵出安芸，三路大军攻向四国。羽柴秀吉本想亲自出马，但感觉身体不适，加上后方还有佐佐成政，就委托弟弟秀长为总大将，侄子秀次为副将。长宗我部元亲也不含糊，调集了全四国岛4万的兵力准备迎敌，并亲自坐镇阿波国西端的白地城对整岛的防务进行监督。
7月四国的大战一处即发，朝廷里关于“关白”一职的争斗也迫在眉睫。近卫家和二条家明争暗斗，冲突有升级的状况。为了稳定宫内，菊亭晴季找到前田玄以商议推举羽柴秀吉成为关白。羽柴秀吉毕竟是百姓出身，相比织田信长的三职推任，他美得简直要上天了。由于关白不封外姓，所以羽柴秀吉拜近卫前久为养父，于7月11日获封关白。这样，四国平定战也更具有了政治色彩，只许胜不许败。
宇喜多秀家率领备前、美作两国的兵力，加上播磨国的蜂须贺正胜和黑田官兵卫，以及仙石秀久总计2万3千人在屋岛上陆攻入讃岐国。大军攻下喜冈、香西、牟礼三城后在户波亲武把守的植田城受阻。黑田官兵卫建议道:“植田城城坚墙厚，短时内很难攻破。不如先去进攻阿波国与羽柴秀长合流攻打白地城。”赢得了其他诸将的认同。这一进军路线的改变，导致元亲的防卫部署大大失效。
小早川隆景率领吉川元长（吉川元春之子，因元春厌恶秀吉，自己隐居派儿子出战）、穴户元孝、福原元俊等将，调集中国地区8国的4万兵力在伊予国的今治浦登陆，毛利辉元在备后国坐镇。毛利军的主要敌人是东伊予的石川氏，其与长宗我部是同盟关系。石川氏的实质领导者是权臣金子元宅，他挟持8岁的主君石川虎竹丸独揽大权。7月14日毛利军攻破了黑川广隆把守的丸山城，15日包围了金子元宅镇守的高尾城。尽管长宗我部元亲派片冈光纲来救援，但高尾城还是在17日被攻破，金子元宅战死。开战不到3日，中心人物就战死沙场，对将兵的打击非常大，8岁的石川虎竹丸想逃往土佐国，被小早川隆景料中于半路截杀，全军覆灭。之后伊予国的当地领主跑的跑降的降，加上25日长宗我部元亲向秀吉投降，毛利军又旋即于8月末攻下了河野通直的汤筑城。黑濑城的西园寺公广和大野直昌见大势已去，亲赴小早川的大营请降，伊予国平定。
羽柴秀长率领大和、和泉、纪伊三国兵力总计3万人马于6月16日从堺港出发，到达淡路国的洲本城。羽柴秀次率领摄津、近江、丹波三国兵力总计3万人马从明石港出发，在淡路与秀长汇合。共计800余艘战船从淡路向土佐进发，声势浩大。长宗我部元亲也展开布防，命东条官兵卫防守木津城、香宗我部亲泰防守牛岐城、谷忠澄、江村亲俊防守一宫城、比江山亲兴防守岩仓城、长宗我部亲吉防守胁城。秀长军上陆后，先锋蜂须贺正胜首先攻向了木津城。经过8昼夜的攻防，正胜顺利切断了木津城的水源，守将东条官兵卫在叔父的劝说下开城投降，自己向土佐退去。长宗我部元亲见到跑回来的官兵卫大怒，责令其切腹。双方的主力虽然都在阿波国，但对于不能分兵的长宗我部军来说，已经呈现出明显的劣势。牛岐城的香宗我部亲泰听说木津城陷落，也弃城而逃。这时，羽柴秀吉病体康复想亲自出阵，先锋已于7月3日到达了淡路，但遭到了弟弟羽柴秀长的劝阻。之后，秀长命羽柴秀次攻打胁城和岩仓城，自己攻打一宫城。谷忠澄、江村亲俊虽然善战，但9000人马始终难敌筒井定次、藤堂高虎、蜂须贺正胜、增田长盛的5万大军，期间断粮、断水、地道等奇策层出不穷，一宫城终于在7月中旬开城投降。羽柴秀长厚待敌将谷忠澄、江村亲俊，谷忠澄更是愿意回去劝说长宗我部元亲投降。之后，胁城和岩仓城也在羽柴秀次、黑田官兵卫、蜂须贺正胜等人的攻击下陷落。
7月19日秀长给小早川隆景写信说明了这边的战况，并约定两军从东西夹击白地城。返回白地城的谷忠澄向长宗我部元亲谏言：“主公，不可再战了。敌人不光阵容整齐，就连武器和铠甲都在日光下闪闪发亮，而且个个人高马大，枪猛刀急。另外，其兵粮补给源源不断，实在难敌以抵挡。再看看我军，10人之中只有7人骑着小小的土佐驹，连马鞍和马镫还是木头的，士兵的铠甲，多是皮毛加麻布制的。更关键的是就算是固守，我军的军粮也难以维持长久。”“混账东西！你战败而逃，本身已是大罪，还敢在此长他人志气！”“主公，万万不可意气用事，要以四国的百姓为重啊！”“你还有没有作为武士的尊严，我知道秀吉国力数倍于我，但是没有进行大规模的决战就投降，乃是武士的耻辱。你简直罪大恶极，命你蛰居，等我打败秀吉后，切腹！”“主公！”“退下！”
即使是待罪之身，谷忠澄还没有放弃说服长宗我部元亲，开始做家中重臣的工作，渐渐的说服了香宗我部亲泰、江村亲俊支持自己。7月25日，长宗我部元亲最终接受了羽柴秀长的停战条件，向羽柴秀吉降服。蜂须贺正胜作为使者负责协商停战事宜，最后长宗我部氏只能保留土佐一国之地，阿波国、伊予国、讃岐国全部割让。同时上交元亲的三子津野亲忠为人质，并不许再与德川家康结成同盟。获封四国领地的武将包括：蜂须贺家政、赤松则房、仙石秀久、小早川隆景、安国寺惠琼、来岛通总、得居通幸、胁坂安治、加藤嘉明。伊予国基本都分给了毛利家的武将。