童氏死在狱中，原本并没有什么波澜，一开始马士英对这件案子也没怎么上心，因为现在整个天下都是纷乱的，有几个匪人想要借机捞些好处也不是什么稀奇事，所以马士英也没放在心上。
可是不管怎么说，朱由崧的做法却令南明的官员和百姓感到大惑不解，因为所有经历者都相信童氏确实是王妃，人们不知道朱由崧为甚么不亲自面见童氏，辨别真伪。
于是，一个可怕的想法出现在南明官员及百姓的脑中，从洛阳逃出来的朱由崧，一直以来都只是以印信向众人证明自己的世子身份，如果他是一个骗子，是在兵乱中偶然获得了王印，那么他肯定不敢面对真正的王妃，所以他要急着灭口。
虽然这样的猜测毫无来由，却有不少人愿意相信，人们虽然嘴里不说，心里却对朱由崧身份的真实性以及合法性产生了极大的怀疑。
如果到现在为止只是怀疑朱由崧倒也没什么，毕竟大位已定，当年在南京城外，所有官员一个头磕在地上，已经承认朱由崧的皇帝地位，出现这么点疑点并不能动摇朱由崧的合法地位。可是东林党那能这么轻易放过朱由崧，童妃案只是第一步，下一步出现的问题就是朱由崧要面对的真正危机了。
崇祯十七年十二月，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，结伴而行。晚上就寝时发现少年内衣织有龙纹，惊问其身分，少年自称是崇祯太子朱慈。
皇太子出现这可是大事，高梦箕不敢隐瞒，弘光元年二月，鸿胪寺少卿高梦萁不得已秘奏：太子朱慈出现在浙江。
太子是一个国家的储君，他是国家名正言顺的继承人，如果这个太子的身份核实，那朱由崧的皇帝就有些尴尬了。
朱由崧不敢大意，急令太监李继周往浙江一探究竟，并派遣内官持御札宣召，将这个太子朱慈带回安置在太平门内的兴善寺。
三月初一，这个少年从浙江金华到了南京，朱由崧又派二名太监辨识，二名公公见到太子，抱头恸哭，解下衣衫为储君御寒，随即如实飞报弘光帝。朱由崧大怒：“真假未辩，何得便尔”，将二名太监灭口，最后又杀了李继周。
朱由崧这番作为，再加上半个月前对童妃的奇怪作为，马上南京城里就流传出风言风语，说朱由崧并不是真正的福王世子，更有人诬陷马士英，说马士英在凤阳偶然得到福王世子的印信，为了掌控朝政，随便找了一个赌徒冒充真正的福王世子。
这次太子出现让马士英十分被动，因为马士英早就有言在先，如果太子回来，立即把国政还给太子。而更担惊受怕的是朱由崧，这次太子案和上次的童妃案可不同，朱由崧也不能直接下令处死这个自称太子的人。朱由崧还要非常小心地处理这件事情，他没办法只好发下诏书，表示自己以绝对的诚意欢迎太子回京。
太子接回来之后，最关键的就是判断真假。说
实话，朝中的大臣们基本上都没见过太子，有人见过太子，也是很多年以前的事了。
鉴别太子必须由那些曾经在太子身边工作过的人来完成，方拱乾、刘正宗、李景廉三位先生以前是太子的老师，他们在太子面前瞅了好一会儿，结果都摇了摇头，说毫无印象。太监邱执中是整天陪太子玩的人，看了好半天，也说不是。
后来又问了一些细节的问题，这人回答不出来，于是大家一口咬定：这个是假太子。
既然是假的，那么就打吧！打完之后，这人终于承认自己不是太子，原名王之明，是驸马王的侄子，也算是皇亲国戚，了解一些宫廷的掌故。
马士英阮大铖一党都以为这件事就这么过了，让他们没想到的是，在弘光元年三月二十三日，远在武昌的平贼将军、太子少保、南宁侯左良玉，起兵八十万，号称二百万，正式打出清君侧的旗号，自称有太子衣带诏，要顺江而下诛灭马士英一党。
其实在去年十二月份，左良玉老恩主侯恂的公子侯方域，就已经来到武昌，要劝说左良玉起兵消灭马士英。