在最后一次和“先知”交谈之后，尼奥明白了他的使命。从这开始，故事就分两条线进行。一条是墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻；另一条线是翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器S世界的圣地01城。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和翠妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐Hammer号回锡安。没想到偷偷醒来的班恩溜进了Logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤。历经重重机器大军的堵截，尼奥终于抵达01城。再说锡安城这边，人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU（ArmoredPeonalUnits单兵作战机甲），和250000电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗……
尼奥在01城终于得以面对“机器大帝”（DeusEMahina）机器世界的真正主宰，双方展开了谈判并达成了协议。与此同时，史密斯的能力又扩充了，凡属尼奥接触过的信息他都能分享。他找到了先知的藏身之处，并将她复制成自己，在这个过程中，他也了解到了尼奥的使命。可是他不怕，并开始在母体中无限复制自己，系统危在旦夕……
和“机器大帝”达成协议的尼奥被送进了母体，而史密斯正在那里等他，两人展开了一场只属于“超人”的决斗。机器与人类，两个世界的命运都取决于这一战的结果，而最后结果是‘和平’。
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对现在的唐天来说，得到这个位面的机械大帝是对自己最大的帮助。在黑客帝国掠夺结束后，唐天会消化和消失这些科技。在去漫威主世界生活一段时间，最起码要得到钢铁战衣、蜘蛛侠、绿巨人的基因在离开。下一轮的位面穿越计划他已经决定的差不多了，《特种部队；眼镜蛇的崛起》《超验骇客》《超能失控》《超体》《永无止境》一些位面就会成为新的目标。
《黑客帝国》技术对唐天帮助最大的应该就是矩阵虚拟现实世界，人类的意识变成程序的技术，可以让钢铁帝国的人才大量的增加。就和终结者植入芯片一样，矩阵虚拟现实的毕竟可以培方方面面的人才，也可以让唐天在里面无限的学习和灌输各种知识，所以面前来说得到‘机械大帝’就是最重要的事情。
在进入地球中的时候会遇到了闪电的厚厚的电离云层，不过唐天表示宇宙战舰会无视这些电离云层。虽然唐天没有得到独立日中的能量防护罩技术，但是用战舰的副炮开路就没有什么问题，未来这次可以得到自己需要的东西，唐天可是准备了很多方案用于得到自己想要的物品。
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PS黑客帝国最多写2张，然后加上漫威剧情，可能会写到钢铁侠、蜘蛛侠，各位多支持啊！！！作者会努力的。最后求收藏，推荐，红票，谢谢各位书友支持。