袁崇焕想要杀掉毛文龙的计划不但没有成功反而将自己逼到了进退两难的境地。无奈下当机立断火派人将毛文龙手下的将领召集到一起并当场宣布毛文龙一十二条罪状。分别是：第一兵戎重任祖制非五府官不领兵即专征于外必请文臣为监。文龙夜郎自雄**一方。九年以来兵马钱粮不受经、抚管核专恣孰甚！一当斩！第二文龙自开镇来一切奏报有一事一语核实否？捕零夷杀降夷杀难民全无征战却报功。刘兴祚忠顺奔来止二十余人而曰率数百众当阵捉降欺诳孰甚！二当斩！第三文龙刚愎撒泼无人臣礼。前后章疏具在御前。近且有“牧马登州取南京如反掌”等语。据登莱道申报岂堪听闻？大臣不道三当斩！第四文龙总兵以来每岁饷银数十万无分毫给兵每月止散米三斗五升侵盗边海钱粮四当斩！第五皮岛自开马市私通外夷。五当斩！第六命姓赐氏即朝廷不多行。文龙部下官兵毛其姓者数千人。且以总兵而给副、参、游、守之札不下千人。其走使、舆台俱参、游名色亵朝廷名器树自己爪牙犯上无等。六当斩！第七由宁远回即劫掠商人洪秀、方奉等取其银九百两没其货夺其舡仍禁其人恬不为怪。积岁所为劫赃无算躬为盗贼。七当斩！第八收部将之女为妾凡民间妇女有姿色者俱设法致之或收不复出或旋入旋出。身为不法故官丁效尤俱以虏掠财货、子女为常好色诲淫八当斩！第九人命关天。文龙拘锢难民不令一人渡海日给之米一碗令往夷地掘参遭夷屠杀无算。其畏死不肯往者听其饿死岛中皮岛白骨如山。草菅人命九当斩！第十疏请内臣出镇用其腹爪陈汝明、孟斌、周显谟等辇金长安拜魏忠贤为父绘冕旒像于岛中。至今陈汝明等一伙仍盘踞京中。皇上登极之赏俱留费都门是何缘故？交结近侍十当斩！第十一奴酋攻破铁山杀辽人无算。文龙逃窜皮岛且掩败为功。十一当斩！第十二开镇八年不能复辽东寸土观望养寇十二当斩！
袁崇焕历数毛文龙十二大罪状后随即宣布革除毛文龙一切官职并下令辽东各地进行缉拿。随后向东江各官等问道：“毛文龙的罪状可明否？”各官唯唯没人答话。又问众兵同样也唯唯无辞。只有几个毛文龙门下私人称其数年劳苦。袁崇焕当即厉声斥责道：“毛文龙此人不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆官至都督满门封荫酬劳足够了吧！而他竟然敢欺骗圣上欺骗朝廷简直是无法无天！我们要五年平奴就要奉行列祖列宗制定的国法今日毛文龙见机不妙逃之夭夭正说明他做贼心虚心怀叵测。来日如抓到他定要将他粉身碎骨！”
接下来袁崇焕开始着手整编毛文龙所属军队。对毛文龙的部众进行核查整编。将水6共计四万余众官兵分为四协每协一万人并将毛文龙的印与剑、以及东江的军政大权令副将陈继盛代管。随后分赏东江官兵将带来的饷银1o万两分给各岛官兵。以此安抚军队。并遣散无辜民众安抚各岛军民释放狱中无辜以此来收买人心。最后移咨朝鲜国王并向朝鲜国王李倧通报了此事。
袁崇焕处理完东江事后于六月初九扬帆回航宁远。并立即奏报崇祯。
袁崇焕剥夺东江总兵毛文龙军职并整编他手下四万军队一事很快传到了京师立时在朝廷上激起了轩然大波。要知毛文龙成名已久也算是一方的封疆大吏了。袁崇焕虽然身为兵部尚书兼蓟辽督师但如此重大的行动事先应禀报朝廷后才能做处理他这样仓促的动作将之逼走并夺人兵权显然有些说不过去。当下朝堂内议论纷纷互相讨论袁崇焕此举究竟是同室操戈还是为民除害！一时间众说纷纭。
崇祯当然对袁崇焕事先未向自己请示便动手的举动甚为不满但此时他还需要袁崇焕来为他镇守辽东驱逐后金军因此并未对此事对袁崇焕进行追究。只是略表惋惜的安慰了他一番并叫他继续忠心不二的抗击后金。这使得袁崇焕始终悬着的一颗心终于落了下来但此时他却不知由于他这种不顾后果的鲁莽行动不但令崇祯对他的信任度大减也令多年来追随毛文龙的手下旧部对袁崇焕乃至崇祯都产生了极度的不满。这就好似一个炸药包一般而毛文龙正是这个炸药包上的导火索。随着袁崇焕气势凌人的将毛文龙逼走这根导火索也就被点燃了。
崇祯二年八月山东爆了以孔有德、李九成为的兵变。孔有德原是毛文龙的心腹爱将后来任山东登州参将。在崇祯二年八月受登、莱巡抚孙元化派遣率八百骑兵六千步军出关援辽。当行至河北吴桥时由于手下兵勇不守军纪肆掠了村堡继而产生哗变。孔有德为免朝廷追究便与李九成等密议宣布起义叛明。当即率军回师山东并连陷临邑、陵县、商河、青城诸县城。九月孔有德回师攻下登州（山东蓬莱）设官置署他自称“都元帅”、李九成为“副元帅”、耿仲明为总兵官。于是整顿兵马攻城略地反明的斗争浪潮席卷山东。
山东近京师关系甚重孔有德起兵反明使朝廷十分惊慌急令保定、天津、昌平诸镇兵马会剿。
正在各处官兵纷纷前往山东围剿叛军的时候原东江总兵毛文龙的部下陈继盛以为毛文龙大帅平反的名义宣布起兵反明与盘踞山东的孔有德部遥相呼应。这一来有如连锁反应一般分散在辽东各岛各处的毛文龙旧部纷纷揭竿而起响应很快共计有三万余人纷纷哗变他们在陈继盛的率领下乘坐战船来到登州与孔有德的叛军汇合在一起登时使人数达到五万余人。一时间声势大涨平叛的官军继而连连遭到败北这使得朝廷更加的手足无措。更有不少的大臣在朝堂上怒骂袁崇焕要不是他逼走毛文龙剥夺其官职他手下的旧部岂能纷纷造反！而此时心急如焚的崇祯也对袁崇焕愈加的不满。
十一月初户部右侍郎刘重庆、四川道御史王万象在朝堂上建议调战斗力顽强的山海关与宁远的辽兵来对付孔有德的“叛兵”。经朝廷重臣讨论奏请崇祯批准。九日崇祯下诏封太监高起潜为监视关宁总监并命他督率蓟辽督师袁崇焕派兵马前往山东镇压。