乔丹感到无力和愤怒，从来没有过这种情况。他认为自己无法操控局势，手下的人各自为政，自己又没有绝对的领导权。他开始和那些名义上的下属交换意见，结果他发现，一切都乱了。于是他向他的老板请求权力。波林不是劳斯多夫，也不是辛恩，他既不会遮遮掩掩、避重就轻，也不会冒天下之大不韪拒绝乔丹，相反他很尊重乔丹，或者说他很尊重乔丹的价值，于是他只是作样子一般开了个董事会，就给了乔丹足够的权力，任命乔丹为篮球事务部总裁，也就是说只要和篮球有关的东西他都有权过问和处理。这样乔丹已经完全成了奇才篮球方面的国王，对所有人有生杀予夺的本钱。很快，乔丹就找到了第一个开刀对象，就是他一直看不上的三个毒瘤。
说乔丹看不上霍华德，可能有些过分，因为在成为乔丹管理者之前，乔丹还是很欣赏霍华德的，他认为霍华德有一个内线球员该有的所有条件，他身体高大强壮、作风凶悍，既会篮下的各项技术，又具备中投能力，由于欣赏，乔丹在95到98之间的几个夏季中一直邀请霍华德参加自己的训练营，作为主要的内线对手。
可是乔丹显然忽略了一点，那就是篮球并不是只靠天赋就能完成的，信念也是不可或缺的一环，而霍华德除了开始三个赛季中体现出极强的，上进心之外，在大额合同到手后就落入了中产阶级球员的俗套，他根本不值上亿的身价。于是乔丹开始考虑放弃这个中看不中用的家伙。不能解约，否则违约金、的处罚和球员工会的控诉就能让奇才队彻底解体，也不能简单的买断，那是太大的一笔钱，奇才如果这么做，最少三年内无法翻身，这显然不是乔丹希望看到的，他需要的是奇才迅速崛起，所以只剩下一个好办法，就是交易。
前面说过，霍华德是一个很有天赋的球员，这样的球员就算长年消极怠工，也会有人感兴趣，毕竟好的内线球员越来越少了。小牛就是其中一个，小牛在库班入资之后，已经彻底摆脱了贫困的帽子，他们最想做的就是一步登天，内线是他们最紧迫要解决的问题，所以霍华德的市场价值就在于此。2月22日，转会截止日之前，乔丹祭出他的第一桩大手笔，一下让奇才球迷们心跳加速到180，他把表现稳定、但却因年薪1690万美元而倍受责备的霍华德请出帐营，送到了靠网络发家的库班当老板的小牛队。
其实乔丹接手奇才队后，一直致力于彻底改造球队，但他受到的最大限制就是球员薪金过满，所有动作都有心无力。这次交易无疑是球队迈向新起点的开始，而这也是乔丹所希望的。从乔丹的言语就能了解一二“奇才过去一个赛季的成绩非常令人失望，我希望这笔交易将是球队走出困境的开始。”这项奇才同小牛的交易中还涉及另外7人，包括奇才的布斯和埃科济，小牛的莱特纳、亚历山大、戴维斯、沃特和托马斯，但他们都只是凑数的摆设，其功能仅限于进行交易时为各自球队的球员薪水额创造一定的空间。小牛送走的五人薪水总额为1600万，而奇才布斯和埃科济的薪水均为42万。
不得不说，乔丹完成了一项壮举，因为像霍华德这样的球员，就算他再犯滥，一般球队也是不敢动的。第一，他很年轻，他未来怎么样谁都不清楚，而且他几乎成了球队的唯一支柱;第二他是内线球员，别看乔丹不是内线球员，可他比谁都了解内线球员的作用，当年一个尤因就能改变整个尼克斯，甚至影响东部形势，他和尤因是朋友，所以他更知道尤因的力量;第三，霍华德天赋并不差，他之所以成绩下滑，是因为他心态有问题，而不是说他真的一无是处，他的背对篮筐单打和防守能力还是非常出众的。
这样的情况下，乔丹毅然送走霍华德，换来群随时可以清走的二线，很明显，乔丹要给奇才动个大手术。将霍华德送到小牛之后，乔丹瞄准了下一个目标老伤号斯特里克兰。斯特里克兰先天并不出色，但他很有头脑，他打球非常聪明，乔丹在打球的时候曾经盛赞斯特里克兰，说他简直是奇才的大脑。可现在就是这个控制奇才整支球队的家伙开始散漫，他打球明显心不在焉，加上伤病缠身，乔丹已经对他不耐烦了。
未来的一个赛季斯特里克兰将从奇才领走1000万美元工资，这对希望重建的奇才是非常不利的，而且已经34岁的斯特里克兰和奇才的合同还有最后一年，买断合同看来是最佳方式。斯特里克兰在全明星赛后的比赛中突然受伤，这成了乔丹绝好的理由。于是，经过谈判之后，乔丹用250万美元的低廉价钱买断了斯特里克兰最后一年1000万美元的合同，然后宣布他可以投奔任何一支球队。
乔丹之所以能用低廉的价格买下斯特里克兰的合同，完全凭的是超人一等的洞察力。他看出斯特里克兰的心愿，由于伤病和矛盾，斯特里克兰已经在奇才沦为替补，他厌倦了这种板凳生涯，很想转到一支有希望打进季后赛的球队。与此同时，那些季后赛的常客球队开拓者、湖人，热火、76人、步行者都对这位有丰富经验和稳定表现老将表达了自己的兴趣，这样斯特里克兰离开心切，刚好落入球队的圈套。
赶走了霍华德和斯特里克兰之后，奇才唯一个老家伙就是里奇蒙德了。说实话，乔丹和里奇蒙德的私交非常好，他甚至认为里奇蒙德是一个可以媲美他自己的得分后卫，但是随着年龄的增长，里奇蒙德已经不复当年之勇，他的得分跌到了低谷，乔丹也只能挥泪斩马谡。当时里奇蒙德与奇才队有4年4000万美元的合同在身，还有两年才到期。最后里奇蒙德这位六届全明星球员也不得不接受被炒的命运，乔丹送给他2000万，将剩下的两年合同全收。将里奇蒙德顺利送走后，奇才有10001200万美元的工资空额来招兵买马。而乔丹也感到前所未有的轻松。
这个时候，出现了一种传言，说乔丹要复出。这个消息虽然引起轩然大波，但没有多少人真的相信，毕竟乔丹已经38岁了，再次复出极不明智，何况他在管理位置上干的有声有色，何必到球场上受罪呢。乔丹出面辟谣，但是他说得不肯定“我退役的时候已经说过了，我将999不会复出，是的，999，你们非要相信那01吗”这句话表面上把传言推翻了，可是从另一个角度想想，所谓01也不是完全不可能，他再次重复999正好也在强调那01。