从某种程度上来说，日本电影学院赏其实谈不上多公平，基本上已经成为了几大电影公司和日本电视台这些主办企业们分蛋糕的大舞台。从提名到奖项的归属，一直饱受舆论批评。
最出名的事件就是1997年的日本电影学院大赏，因为日本电视台从这一年起开始转播日本电影学院大赏的颁奖典礼，于是这届电影学院大赏出现了一个很奇葩的现象——由NTV投资的电影《谈谈情跳跳舞》独占了当年度日本电影学院大赏的全部大奖。
是的，所有大奖，13个奖项全部由《谈谈情跳跳舞》获得，连一些小奖项都没有放过。
这样的事情甚至在之后的日子里，经常会出现。
比如两年之后的1999年，东宝电影公司的平山秀幸执导的《乞求爱的人》独占九项大奖，而在欧洲拿到威尼斯电影节金狮奖的北野武的《花火》（BANDAIVISUAL电影公司），却只在本届日本电影学院大赏上，拿到了配乐奖。
2003年，NTV参加投资的《黄昏清兵卫》获得最佳女配角以外所有其他12项大奖。
2005年，NTV电视台投资的《三丁目夕阳》获得最佳女主角以外所有其他12项大奖。
特别需要指出的是，2005年的《三丁目夕阳》并不具备真正独占这些大奖的品质，因此评奖结果揭晓后，日本“日本奥斯卡协会”遭到空前严厉的批判。
这部电影也是堀北真希在电影事业上踏出的坚实一步，凭借它堀北真希拿到了不少的最佳新人奖。
它的续作也一直很有卖气，2012年年初，这部电影的第三部续集《永远的三丁目的夕阳之1964》，票房也很不错，破了二十亿日元，为堀北真希踏上一线女星助力不少。
除了正式奖项中的各种骚操作外，日本电影学院大赏引人批评的还有，唯一能够反映民众喜好的“话题奖部门”，其获奖作品和获奖者与最佳电影奖等“正奖”的获奖作品往往完全不同。
但是因为“话题奖部门”是由广播电台“日本放送”的听众投票产生，结果“话题奖部门”中的“话题演员奖”往往都由参加过“日本放送”的广播节目的演员获得，而非那些更具实力的演员获得。
此外，NTV出资的GHIBLI动画片也成为日本电影学院奖的常客。TBS也好，富士电视台也好，朝日电视台也好，他们投资的电影是很难获得“日本奥斯卡”的青睐，就算提了名，也往往是“陪太子读书”。
富士电视台拥有NTV的股份，所以能混个最佳配角之类的小奖。其他电视台投资的电影连这种小奖也不能得到。2007年由韩资企业CQN出品的《扶桑花女孩》得到最佳影片，算是1996年之后头一回。
而2013年度的日本电影学院大赏，依旧秉持着这种私底下办事好商量的风格，从提名开始就出现了一家独大的势头。《长眠不醒》依靠着Beta娱乐集团的影响力，提名了所有的奖项，看上去也势必会在正是颁奖典礼上，夺下不少大奖。