在蒙古人击败宋朝建立元朝之后，按照惯例需要进军没有到达过的疆土，故于至元28年{1291年}1o月，派出海船副万户杨祥为宣抚使，与礼部员外郎吴志斗和兵部员外郎阮鉴率兵6ooo余人进军tái wān。由于语言不通和航海知识不足，无功而返。到公元1335年，元朝正式在澎湖设立“巡检司”。巡检司，级别不高，属九品。“职巡逻，专捕获”，捕捉罪犯，兼办盐课，但这是中央政府派驻台澎地区的第一个行政执法机构。自此以后，中央王朝开始派员管理台澎地区。
明朝的海禁政策，导致东南沿海海盗盛行，为保卫沿海地区不受海盗侵扰，明朝朝廷在基隆、淡水二港派驻军队，防止海盗利用台澎地区作为搔扰东南沿海的基地，这是中央政府第一次在岛内驻扎军队，保卫海防。高雄凤山有特产“三宝姜”，就是明代郑和下西洋到达tái wān时留下的，这是中原到达tái wān的第一支大规模的商队。
1683年，前清政府tong yi tái wān后，在tái wān本土内正式设立tái wān府，下辖tái wān、凤山、诸罗三县。tái wān府隶属于福建省管辖，后改为2府8县4厅。前清政府对tái wān地区已经建立了完整的统治机构、制度，进行有效管理。西方殖民者东侵以来，美国、日本、法国等列强先后在tái wān进行军事挑衅，加剧了中国边疆领土危机。在这种情况下，前清政府上层在如何治理tái wān的态度和方式开始出现变化，由“防内变为主”改为“防御外侵为主”，清朝督办南洋海防事务的福建船政大臣、后任钦差大臣的沈葆桢、福建巡抚丁日昌等人，把tái wān称为“七省藩篱”、“南北洋关键”、“中国第一门户”，一再反复强调tái wān地位的重要性。他们还多次上奏折，建议在tái wān设立行省，以加强吏政，有效管理孤悬海外的台澎地区，巩固海防。在tái wān设省的建议在当时的边疆危机下，有了实现的可能。这一建议最早是丁日昌在1874年间提出来的。当时刚刚走上维新道路的日本在1871年被杀害的几名琉球居民，在1874年4月组成所谓的“tái wān生番探险队”3ooo人，由6军中将西乡从道率舰队侵略tái wān，并在琅峤登陆。5月18日，日军开始与tái wān当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。7月，日军以龟山为中心建立都督府。清政府得知日军侵犯tái wān消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沈葆桢率军直赴tái wān。沈葆桢等到达tái wān后，一面与日军交涉，一面积极备战。日军由于不服tái wān水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事zhān ling tái wān，于是转而用外交手段解决问题。经过一番外交斗争后，清政府与日本政府于1o月31日签订《北京专条》，清政府付给“日本国从前被害难民之家”抚恤银1o万两和日军在台“修道建房等”4o万两。12月2o日，日军从tái wān全部撤走。
面对这样的局面，第二年11月沈葆桢提出，在闽浙总督名下设立“福建巡抚”，“冬春驻tái wān，夏秋驻福州”。1876年春新任巡抚丁日昌无法按期驻tái wān，奏请朝廷另派重臣常驻tái wān，改设“tái wān巡抚”，这样实行3年的“冬春驻台”改为tái wān单设巡抚。
但是在这件事情上满清再次显示了他们的无能，在di guo zhu yi的威胁下和自己内部的扯皮下，直到1884年6月，清朝才派出直隶提督刘铭传加封巡抚衔，督办tái wān政务和防务。刘铭传到任不久，正逢中法战争爆，从总体上看军事上没有失败的中国，在政治上再次惨败，面对危机，加强tái wān防务尤为必要。闽浙总督杨昌浚、钦差大臣督办福建军务左宗棠，于7月再次上书，要求在福建tái wān两地“巡抚分驻”、“建省分治”。光绪11年{1885年}1o月12日，垂帘听政的慈禧太后，在下旨创建海军的同时，下旨同意诏请左宗棠的奏请，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为tái wān巡抚，正式下诏在tái wān建省。到1888年正式实现闽台分治，tái wān单独设省，由原来的2府8县4厅增为3府11县4厅1直隶州，后又增设南雅厅。
但是好景不长，无能的满清在甲午海战中再次战败，屈辱的签订了丧权辱国的马关条约。在签约之前，满清朝廷中的汉臣是不赞同的割地的，当时的北洋大臣李鸿章表示，不能够承担割地的责任，更何况连日本人要的赔款现在都无法凑齐。光绪帝的老师翁同騄这些一向和李鸿章唱反调的人也说，宁可多赔款，也不可割地一寸。但是这个时候满清的真正的统治阶层，那些满人们却再次显示了他们的无能和卑劣，向前几次力主向沙俄以割地赔款来保住他们的荣华富贵一样，以恭亲王奕訢为的一干大臣则强烈要求割地来换取日本退兵。
最终于4月17日被迫签订丧权辱国的《马关条约》，把tái wān割让给日本。当时消息传出后，举国同愤，反对割台；tái wān全省“哭声震天”，鸣锣罢市。协理tái wān军务的清军将领刘永福等率军民反抗日本的侵占，坚持了5个多月的战斗，历经大小百余仗，使日本侵略者付出了惨重的代价，但因为满清上层贵族根本不敢援助，对于tái wān人民的反抗予以漠视，这场抗争终遭失败。从此，tái wān沦为日本的殖民地近5o年之久。”