金国南侵打破了宋廷以金为屏障的幻想，相关的争论也停止下来，且战争的形势并不如金人估计的那么乐观。这时南宋为了自己的存亡，不仅对入侵金军进行了坚决的抵抗，而且不断寻找机会深入河南抄略以迫使金军退兵。另外，为了减轻国防压力，南宋还公开招纳有实力的山东忠义军，同时与西夏会师夹击秦、巩。金人占领了南宋淮南的一些州县，但很快被宋人收复，随后，宋金边境陷入长期的拉锯战中。
金兵在攻宋战争中没有占到便宜，试图夺取淮南以为缓冲之地的计划落空了，丧失了许多有生力量，且宋廷为了自己的生存，不得不再次与蒙古展开交往，以期减少自己承受的军事压力。对南宋而言，联蒙灭金开始成为主流观点，出兵助粮固然有“执仇耻”的目的，但最根本的目的，在于“和蒙”，这是符合南宋利益的正确之举，也是南宋唯一正确的抉择。
端平元年正月，宋蒙联军攻破了金国最后的据点蔡州城，金哀宗完颜守绪匆忙传位后自缢身亡，金末帝完颜承麟亦在乱军中被杀死，金国灭亡。宋军最后分得了大部分战利品，其中就包括完颜守绪的尸体。并收复了寿、泗、宿、毫四州及涟水一军，加上消灭李全所得之海州，共五州、一军、二十县之地，两淮全境收复。京西又得唐、邓、息三州十一县，京东得邳州二县。
从这一点来看，南宋在“联蒙灭金”这一事件中还可以算是受益者，但这一结果对南宋而言并非福音，灭金后，蒙古军撤回到黄河以北，宋军撤回长江附近。这时的河南因为遭受战乱已经极为残破，无法为军队提供补给，于是河南就成为了夹在蒙古与南宋之间的一块无人占领区。
蒙古人在灭亡金政权之后并没有停止南下的步伐，而是继续南进，将灭亡南宋政权作为他们的下一个目标，于是蒙古与南宋长达四十年的对峙开始了。纵观整个过程来看，南宋政府并非不知道唇亡齿寒的道理，最后走上“联蒙灭金”的道路更多的是一种“两害相较取其轻”的无奈。
但“辛卯之变”给南宋带的灾难还远不止此。南宋在四川的防务可以用一句话予以概括：“三关为门户，五州为藩篱”。三关即为阶州七方关，凤州仙人关，兴元武休关；五州即为阶州，凤州，成州（同庆府），西和州和天水军。蒙古军两次南下，将“蜀口诸关荡为平地，不可修复”，四川自此门户大开。
而更为严重的还在于蒙古军对嘉陵江沿岸的破坏。蜀口宋军后勤补给完全依靠嘉陵江水运，剑门关外沿江的沔州，大安军，利州是川陕最重要的三个军事重地，所以川陕可以没有汉中兴元府，但绝不能失去嘉陵江沿线的这三个州。
尽管新任蜀帅李真上任后收集各地溃军，招募忠义，迅速收复了失地，并和副帅赵彦呐一道尽其所能恢复蜀口防线。但由于由于这三州在“辛卯之变”中均遭蒙古军占领和破坏，使得此后嘉陵江水运无以为继，只能重开陆路。直到阔端于端平二年年秋蒙古再次大举攻蜀前，蜀口元气仍远未恢复，使四川在宋蒙全面交锋后短时间内陷落，这不能不说是“辛卯之变”种下的孽根。
此外以更长远的眼光看，赵宋南渡以后，四川总领所的收入，常年占南宋财政总收入的四分之一以上，四川提供的军粮，更达到整个南宋军粮供应量的三分之一以上，故时人便有“蜀亡则宋亡”之叹。从这个意义上说，南宋最后战败灭亡的命运，亦肇始于“辛卯之变”……
“陛下，属下以为尽管有辛卯之变的教训在前，但此一时，彼一时矣！”庄公从简述了辛卯之变的经过，阐述了决策经过及得失后道。
“朕愿听汝之论断！”赵昺斟了杯茶推给其笑道。
“谢陛下！”庄公从不客气的将将茶一饮而尽道，“陛下，属下认为当年我朝尽管在战略谋划上高于蒙元，，且依托地理优势，仍然战败皆是因为最后真正决定战争胜负的，还有军队的战斗力、后勤补给，以及国家的运作，和战场上的指挥。遗憾的是在这些方面来说，彼时我朝都并不占优势，可如今陛下英明神武，众臣得力，诸军用命，百姓拥戴，形势已然逆转了。”