在三省六部制的行政流程里，中书省负责起草诏令，门下省负责封驳诏令，尚书省负责执行诏令。而中书省起草的诏令代表的是皇帝的旨意，门下省审核和封驳这些诏令不就是在审核皇帝的旨意吗？是不是意味着皇权实际上会受到三省制的限制呢？
确切地说，赵昺认为是有的，虽然皇帝制度或皇帝称号已然决定了皇权是至高无上的，没有人能限制或制约皇权。但因为皇帝行使权力时需要通过一定的人员和机构，按照一定的程序和方式进行。三省六部制就从制度上为臣下提供了约束皇帝的行为从而让其不滥用皇权的可能。
赵昺深受其‘害’的就是封驳，他下达的旨意需要中书起草，门下负责审核。门下省若是觉得诏书有问题，就会涂改诏书然后打回，这种行为有个专用称呼，叫做涂归。而门下省不仅仅审核皇帝的制诏，各地方、各部门上奏给皇帝的奏章，也是必须先经过门下省审核。
如果这份奏疏所讲的事情，门下省认为合理，就签署审核意见，交由中书省讨论并呈送皇帝御览，如果门下省认为不合理，就签署反对的意见，打回去。由此可见中书省、门下省都在一定程度上干预皇帝的言行，力图使皇帝的所作所为在制度框架内，以使皇帝不能专权。
当初赵昺嫌自己的权利受到制约，后来以提高行政效率为名，将中书门下虚置，变成了有名无实的单位。而重大事宜则由左、右相和参知政事及枢密院正副使组织堂议，或增加六部尚书同堂议事。一旦得以通过，由他在决意上加盖印玺，旨意直接下达给六部或各军执行。
而赵昺的‘私旨’只要不是涉及国事，只需左、右相或是值守的参知政事签署就可以发送六部或地方执行。而后设立军机处也是以挤压相权为目的，后来一连起草诏书和审核奏章也交由御前办处理，以致有人将御前办主事称为‘内相’，有了取代外朝的趋势。
所以赵昺虽然当初建立御前办只是想减轻自己的工作压力，协助自己分类整理文件，收集资料和保管重要文件，对接中央和地方部门工作，而成立的秘书处。但实际上当下的御前办已经有了中书省和门下省的一些职能，参与到重大事件的前期决策，从而在一定程度上影响到了朝廷的运作程序和事件走向。
赵昺当然清楚如此做在战时和处理突发事件，作为一个临时机构存在勉强算的上合理，而他的目的也是在通过在御前办工作，受到自己的思想影响，并作为后备干部进行培养。但是作为帝王的幕僚，这些人在资历和理政经验上皆相差甚远，无法承担参赞军机的作用。
当前形势趋好，领土已经稳定在淮河沿线，面积比当初在琼州扩大了百倍有余，人口也已经达到四千万左右，事情也是越来越多，到了目不暇给的地步。赵昺以为现下的朝廷机构并没有能与时俱进，不但自己对纷杂的事务难以及时处理，朝廷也已经不堪重负。
因此调整朝廷机构，理清运作程序及完善议事和决策职能已经是迫在眉睫的事情，因而赵昺想着要逐步健全相关机构。但是他对增设那些部门，如何确定职能还只存在于设想当中，并没有详细的方案。所以今日便与王应麟提及此事，想在回京前能有个眉目。
眼下从三省六部制的优点来看，它确实是一项很好的制度。是不是优点多就一定会得到长期推广呢？赵昺的答案是否定。中书门下体制建立以后，三省机构依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趋严密和完善。但三省与宰相分离，中书门下成为宰相府署，独立于三省机构之上。
在这种体制下，中书门下直接指挥诸使、诸郡、诸军执行政令，宰相对于行政事务的干预越来越强，甚至直接下行过去由尚书六部处理的事务。宰相与君主的联系更多的作为“参总庶务”的政务官，而不再是“坐而论道”的咨询者。
而今选择恢复三省制，是完全照搬前朝的版本，还是吸取前人的经验，有选择的保留，赵昺还在犹豫。因为这不仅关系到增加公职人员和开支的问题，还涉及到如何维护自己权益的问题。一旦放权过多，自己多年的努力岂不前功尽弃，重新被架空，弄不好又变成了吉祥物被人供着了……