和吴介璋直接公开上书弹劾林芝夏不同，即便是到了这个时候林芝夏的反击都是隐蔽的，他并没有和吴介璋一样使用公开弹劾的手段，而是用了秘密举报的手段。如果说林芝夏的第一封举报信更多的是为了混淆视听以及为之后的动作做准备的话，那么他的第二封举报信就直接戳中了吴介璋的要害，而它对于吴介璋来说也是致命的。
朝廷为什么有意调整地方上各省新军的主将，根本原因就是因为朝廷一直对地方上的官吏以及武将不放心，他们想要把军权牢牢的掌控在中央朝廷的手上。从太平天国开始，由于绿营以及八旗的腐败不堪，朝廷不得不重用地方团练，而这直接导致了地方军队的崛起，从一开始曾国藩的湘军、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军以及之后由淮军演变而来的北洋势力，这些庞大的军队势力盘踞地方对于满清朝廷来说一直都是心腹大患，他们不止一次想要将这些军队控制在手中，只可惜最终却因为各种各样的原因以失败告终。
这种局面可以说一直到袁世凯崛起之后才稍微改观，和之前那几位相比袁世凯的资历和威望都差的太多，所以袁世凯一直没有办法像之前那位在地方上建立起属于自己的军队势力。当然，在未来袁世凯确实实现了这一点，不过在当下袁世凯和上面几位相比无疑还差了许多。
袁世凯从一开始的崛起就是因为慈溪的扶持，再加上他的军队大多数时候都是驻扎在京师以及周边地区，这无疑极大的加强了朝廷对于这支军队的影响力，可以说就目前来说朝廷对于袁世凯的北洋军还是能够控制的。
可以毫不客气的说，这几十年一直是满清朝廷和以汉人为主的地方官僚、军队集团相互斗争的几十年，之前双方斗得可谓是难解难分，而好不容易到现在满清朝廷看到了一点胜利的曙光，他们又怎么会不抓住这个大好的机会呢。
所以，满清朝廷绝对不会允许未来注定成为一股新兴势力的地方新军不被自己控制在手中，特别是在慈溪自知命不久矣的情况之下绝对会在临死之前尽可能的加强中央对于地方军队的控制力。
虽然吴介璋曾经在陕西、江苏以及江西三省编练新军并且为朝廷立下了汗马功劳，可是对于满清朝廷来说，吴介璋仍然属于需要让他们防备的地方官僚，特别是吴介璋身上还有着很强的地方色彩，这就更不会让朝廷对他放心了。
而在这样的大背景之下，林芝夏第二封直接举报吴介璋在江西新军当中扶植、安插党羽意图将江西新军变成自己吴家军的举报信所产生的效果就毋庸置疑了。如果说一开始朝廷还对换掉吴介璋等一大批地方新军将领感到迟疑的话，那么现在最起码他们对于换掉吴介璋是没有一点迟疑的。
所以，很不幸的吴介璋成为了年后第一个被换掉的地方新军将领，在1908年的3月1日，陆军部正式下达命令免掉了吴介璋江西新军二十七混成协协统的职务，而接替他的则是北洋出身的李瑞。当然陆军部也没有彻底免去吴介璋的所有职务，在免掉他协统职务的同时又将吴介樟调回了江西武备学堂充任总办兼总教官。
可以说吴介樟又干起了老本行。可是对于这样的结果吴介璋绝对是不满意的。当初在陕西的时候他干的就是这样的工作，后来到了江苏也是一样，再后来转战江西，结果还是练兵的工作。虽然江西武备学堂听起来好像更高阶了一点，可不还是一样只是练兵的工作吗，吴介璋自己都感到郁闷了，好像自己一辈子就只能教别人怎样当好兵、当好将领，而不能自己亲自领兵上战场一样。