捻军有独创的步骑联合战法，半骑半步，一匹马上骑两个人，急行军或后撤时二人上马飞驰，遇敌作战则后面一人忽然下马成为步兵。骑马士兵疾杀入阵，步行兵士用长枪在后面呐喊猛剌，配合默契，往往杀得清军愕然之间不知如何对付。清军往往还没明白过叶来，捻军步兵跃上马背，与骑兵并骑而去，倏忽无踪。这种战法重点在于心理打击，因为清军从前根本没遇过这样悍猛奇异的对手。
此外，包抄战、犄角战、突袭战，也是捻军惯常使用的战法。
虽然战法奇异，久而久之，清廷方面自有能人，曾国藩早就看出捻军的弱点：“吾观捻之长技约有四端：一曰步贼长午，于枪子如雨之中冒烟冲进；二曰马贼周围包裹，速而且匀；三曰善战而不轻试其锋，必待官兵找他，他不先找官兵，得粤匪初起之诀；四曰行走剽疾，时而数日千里，时而旋磨打圈。捻之短处亦有三端：一曰全无火器，不善攻坚，只要官吏能守城池，乡民能守堡垒，贼即无粮可掳；二曰夜不扎营，散住村庄，若得善偷营者乘夜劫之，胁从者最易逃溃；三曰辎重、妇女、骡驴极多，若善战者与之相持，而别出骑兵袭其辎重，必大受创。”
没有稳固的后方和根据地，清军采用坚壁清野和步步为营的战法，捻军的弱点就很快暴露无遗。
曾国藩虽剿捻无功，但他最先提出的“河墙战法”，实为对捻军的致胜法宝。李鸿章接过曾国藩的权柄后，屡受攻讦之下，仍旧坚持清醒头脑，上奏清廷，说明曾国藩“河墙战法”的正确性和有效性。李鸿章在沿海岸边和险隘处广筑长墙，水面上密布水师战船，最终把捻军限制住，使其马队丧失奔驰流动的优势。战法得当，清军最终把驰突不驯的捻军绞杀于其中。
捻匪就是捻匪，危机刚过就开始争权夺利。突围过河后，捻军内部又掐上了。昔日的发逆太平军部与老捻匪不和，互相争强斗势。
眼见着就要刀兵相见，为了避免火并，赖文光、任化邦等人选择留在中原地区，史称“东捻军”；张宗禹率部向西北进发，想联合当地造反的**一起谋救重起，史称“西捻军”。
张宗禹领着自己的人调头走了，所谓剩下的东捻军数万人也不能作茧自缚，已经粮草短缺的捻匪，自河南中牟出发，突入山东，准备进入运河以东地区抢粮。设想当然是很美好，一旦占据产粮区，就成了肚里有粮心不慌，周围游民散勇自会踊跃前来，势大可为，就在这中原一带，尽可与清军周旋一番。
但谁想到，事与愿违，清军也没闲着，对于捻匪东进就粮意图早有防备，大军齐聚山东，以逸待劳。
正攻受挫，东捻军损失惨重，只得趋至河南商丘。但依旧受挫，进攻归德不下。此时东进无望，赖、任等人想起了张宗禹，后悔药就不说了，也想去陕西与西捻军汇合。
哪知道，和他们打了这么多年的清军，也该是知己知彼了，对捻军动向非常重视，上封下砸，处处堵截；捻军马队在无边无际的大队清军中，左突右撞，清军就是一堆软壳蛋，也快把捻军的马蹄子陷住糊死了。
也由于马队大规模行进需要一定的地利条件，东捻军最终取消入陕计划，最终被迫进入胶东地区。但事实证明，跑入这种地方，处处兜绕，长久而疲，虽然取得一些胜果，东捻军在窄狭的地区根本不能发挥所长。何况这种意图，清廷方面早有察觉。左宗棠等人密切注视东捻和西捻的动向，随时加以防范。
跑来跑去，东捻军在1866年年底进入湖北。赖文光的想法本来很不错，他想进入湖北后抢粮修整后从宜昌杀入四川，然后以天府之地为中心，逐步四扩，力图把势力延及湖北、云南、贵州、陕西，最终与西北的西捻军和造反**者遥相呼应，重整太平天国。也就只是想法吧，施行起来哪有那么容易。
1866年1月两路捻军进入湖北，不久张宗禹部捻军又经河南奔袭鲁西；赖文光部旋亦返河南，转进山东，策应配合张宗禹部。4月11日，张宗禹部捻军由兰封进入定陶，12日在巨野与清军总兵杨飞熊部遭遇，结果杨飞熊受伤败逃。
20日，捻军又在郓城击败潘鼎新等部淮军，缴获大批洋枪炮，随后进抵寿张、范县，至4月底，与赖文光部捻军会师于曹州府。
5月间，捻军在巨野遭淮军总兵刘铭传、周盛波等攻击失利，于是赖文光部开往鲁苏边界，继而抵达皖北、豫东一带活动，张宗禹部则往来于曹县、丰县等地，后趋徐州。6月20日，两军在徐州境会师，旋又分头活动，先后进入河南。
曾国藩虽苦心推行其剿捻策略，但捻军仍横扫了豫西，并昼夜行军，于9月下旬直趋菏泽、曹县一带，势不可挡。随即进入水套地区，嗣后仍回师河南，再破清军河防。曾国藩的“剿捻”策略尤其是河防计划宣布破产，清政腐不得不改派李鸿章继任钦差大臣，节制各军，专办镇压捻军事务。
赖文光等深感孤立无援之难，遂于10月21日在河南中牟分为两支：一支由鲁王任化邦率领，并遵王赖文光、魏王李允、首王范汝增、奏王赖世就等，有将士10万人，骑兵居多，继续在中原地区坚持斗争，是为东捻军；另一支则由梁王张宗禹、幼沃王张禹爵率领，并淮王邱远才等，“前往陕、甘，往连回汉，以为犄角之势”，是为西捻军。
新常胜军经过一个月的紧急整训，开战在即。从蒙古随马队前来的三百多蒙古汉子也加入了进来，和一千多联邦军，以及就地征召的骑手，组成了包括三个骑营、一个骑炮营和一个辎重营的一个轻骑兵团。
并不主要以骑队冲击作为作战手段，而是着重利用火力进行打击，而利用马队快速机动。虽然配备马刀，但是只作为防身和辅助攻击的装备。<div>