赵高最终还的带走了朱慈这个倒霉孩子，如果历史没有改变的话，等过两天李自成攻破北京城，这个孩子被大太监带去敲自己外公的人，然后会被外公赶走，最终下落不明。
与之一起的还有礼部侍郎方逢年，崇祯的原话是此人能力有限，但是资历够老又足够忠诚，如果太子年幼不能服众的话，有他在，平稳朝堂就很有用处。这大概也是他最后一个还能帮上点忙的大臣，剩下的那些大臣，有的已经准备投靠新主博取富贵，有点则准备杀身成仁博取名声，从崇祯看来，后者并不必前者高尚多少。
三月十七日，崇祯最后拒绝李自成的议和条件。三月十八日，李自成亲自率军攻打九门，太监曹化淳献彰义门，兵部尚书张缙彦献正阳门，外城陷落。三月十九日，崇祯召集百官却无一人至，以发覆面自缢于煤山之上。
此时的赵高已经带着朱慈沿着运河到了沧州，等待崇祯殉国的这一天，赵高准备好了香案，让小太子站在船头，对着北方而拜，小太子骤逢巨变，眼前只有方逢年算是老熟人，从他八岁开始就是他的老师，不由得把目光投了过去，方逢年此时虽然没有得到消息，但他人老成精，大概也知道发生了什么，便示意小太子行三拜九叩大礼，自己在一旁痛哭不已，草草行过礼之后，赵高迅速把香案全都扔进了运河之中，再次赶路，他必须在南明的皇帝继位之前把小太子朱慈送到南京。
好在去南京的一路上顺风顺水，虽然到处都是乱兵杂匪，可赵高带出来的这五百名军士甲胄鲜明，倒也没有哪个不懂事的前来挑事，等船行到了扬州，与赵高的“翼军”再次汇合的时候，已经是四月二十，此时崇祯的死讯已经传到了留都南京，南京的文臣武将已经决议立藩王为帝，然后挥师北上恢复国土，但具体拥立何人则相互之间争吵不休。
根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，神宗长子光宗一脉已无人能继位，而次子朱常溆甫生即死，三子朱常洵虽已亡故，但其长子朱由崧仍健在的情况下，按照兄终弟及、父死子继的顺序，第一人选为福王朱由崧（前有嘉靖帝继位为例）；但钱谦益等东林党人则由于之前的“国本之争”事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名拥神宗弟弟朱翊之子潞王朱常；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。三派之间互有纷争，几乎要兵戎相见，而复社之中，意见也早已分裂，不过相互协调之下，各方势力还在相持着。
而此时的福王朱由崧，已经取得了大太监卢九德的帮助，又获得了高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以及凤阳总督马士英的支持，在竞争中占足了优势，初步定于五月初三监国，五月十五即皇帝位，连年号都定好了“弘光”。
可惜朱由崧的皇帝梦还没开始做，五月初一的时候，赵高已经带着朱慈，收服了江北诸将，来到了南京城下。
南京陪都中，见过太子的旧臣并不在少数，更何况旁边还有老臣方逢年，更有赵高的近万“翼军”和刚刚收服数万江北诸镇的守军，这些守军的将领，大多都见过太子，方逢年拿出诏书，便立即收服了他们。
此时人心所思不过是一个正统的名义上的君主，原先无论立福王潞王又或者是桂王都会有人不服，相互之间就比谁的势力更大一些谁就是胜利者。而占据着大统名分的太子登场，其余的人便再也没有了机会，福王朱由崧虽然已经住在了宫殿之中，手下也有人马追随，就准备择日登基了，此时有心不开城门，可在大义的名分下，连一向支持他的卢九德看见朱慈，也跪伏在地痛哭，就知道大势已去，无可奈何之下，只好开城迎接。
等朱慈拿出那份崇祯的遗诏的时候，最后一点点名义上的瑕疵也完全消失，南明虽然现在还分为各种势力，那只是因为缺乏一个能够得到认可的君主，朱慈既有太子的名分，又有崇祯的诏书，统合起来难度也不是很大。
本来朱由崧已经准备好了登基所需的一切事物，现在是为他人做嫁衣裳，等到五月十五的时候，朱慈正式登基为帝，年号“光华”仍晋封朱由崧，朱常，朱常瀛为亲王，在南京城**卫新帝，同时用复仇的口号，把所有能够团结的势力再次集中起来，整顿军备军纪，备足征战粮草，在剔除了原先已经腐烂的朝廷众臣之后，整个南明小朝廷竟露出了一份生气来。