乾隆十三年（1748），黄元御游幕至清江阳邱，阳邱风景秀美，黄元御亦心清气廓。期间，他南游会稽山，拜谒禹陵，自谓：“身登会稽，亲探禹穴，目睹越国江山……乃有著作斐然之志。”同年四月，他开始撰著《伤寒悬解》，七月三日草成，计十五卷。八月下旬又撰成《金匮悬解》二十二卷，时年四十四岁。
乾隆十四年春（1749），黄元御初草《四圣悬枢》一书，辨析瘟疫痘疹之义。二月作《四圣心源》，解内外百病原始要终，仅草创大略篇目，因事辍笔。乾隆十五年（1750）四月，黄元御北游至京，适乾隆帝有疾，众太医萎思无策，经举荐，黄元御入宫视疾，药到病除，以精湛的医术得到了乾隆帝的特别青睐，亲书“妙悟岐黄”以为褒赏，并恩赐御医。从此，黄元御开始了供职太医院的生涯。
乾隆十六年（1751）二月，乾隆帝首次南巡，黄元御伴驾至杭州，期间著方调药皆有神效，深得乾隆帝及内外臣工赞誉。四月间，黄元御乘闲便道至清江旧寓，继续编写《四圣心源》一书，“十得其九，厥功未竟”。“六月删改《四圣悬枢》，誊清定稿。八月十五日开舟北上，回到京城。直至乾隆十七年（1752）十月，黄元御写毕《天人解》一章，经过四年时间，《四圣心源》终于脱稿。在《天人解》中，他极力阐发《内经》：“善言天者，必有验于人”的观点，高度重视阴阳五行学说的运用，并善与四时相联系，从阴阳变化、五行生克、脏腑生成、气血原本以及精神化生等方面阐述气化自然的妙义，影响巨大。
事君几年中，黄元御并不得意，这种心情在《四圣心源·序》中说得非常明白：“顾自己巳以至壬申，历年多矣，元草未就，则天既长与以穷愁之境，而不频假以萧闲之日，帝眷之隆，何可恃也？良时非多，勖之而已。”繁庶之务使他没更多的时间完成著述，黄元御为荒废了这许多宝贵时光而深自惋惜。此后的日子里，他更是惜时如金，全身心地投入到著述中去。
乾隆十八年（1753），黄元御四十九岁，春二月，取张仲景著作中的方药加以笺解疏证，著《长沙药解》四卷，载药一百六十一种，方二百四十二首。乾隆十九年（1754）三月又撰成《伤寒说意》十卷。该书以传经入说，辩论分析，多启迪后学门径。同年六月八日，撰成《玉楸药解》八卷，以补《长沙药解》之未备，他在该书中首创了用浮萍治疗瘟疫的疗法。至此，黄元御已完成医书八部，即后世所称《黄氏八种》，时年五十岁。因过度劳神，此时的黄元御已是身疲神怠，门人毕武陵请笺注《素问》、《灵枢》，“自唯老矣，谢曰不能”。
乾隆二十年（1756）初春，在门人毕武陵的再次推请下，黄元御着手笺释《素问》，至十一月书成，计十三卷，定名为《素问悬解》。此书中的“五运六气，南政北政”之说，大为发前人之未及。