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《黄帝内经》基本理论精神包括:整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等:
1“整体观念“强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。
2“阴阳五行“是用来说明事物之间对立统一关系的理论。
3“藏象经络“是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。
4“病因病机“阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。
5“诊法治则“是中医认识和治疗疾病的基本原则。
6“预防养生“系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。
7“运气学说“研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
历代医家用分类法对《黄帝内经》进行研究。其中分类最繁的是杨上善，分做18类最简的是沈又彭，分做4卷。各家的认识较为一致的是脏象包括经络、病机、诊法和治则四大学说。这四大学说是《黄帝内经》理论体系的主要内容。
折叠脏象学说
脏象学说是研究人体脏腑组织和经络系统的生理功能、相互之间的联系以及在外的表象乃至与外环境的联系等等之学说。
脏象学说是以五脏六腑十二经脉为物质基础的。当然有关解剖学之内容还远不止此，但更重要的还是通过大量的医疗实践不断认识、反复论证而使此学说逐渐丰富起来的，最终达到了指导临床的高度。
《黄帝内经》充分认识到“有诸内必形诸外“的辩证法则，使脏象学说系统而完善。脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神三部分。脏腑又由五脏、六腑和奇恒之腑组成。
五脏，即肝、心、脾、肺、肾。
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。这里边胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。
脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相互为用的。
经络系统可以分经脉、络脉和腧穴三部分。经脉有正经十二:手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经。十二经脉首尾相联如环无端，经气流行其中周而复始。另有别于正经的奇经八脉:督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉、阳维脉。注:“奇经八脉“一名始于《难经·二十七难》
经脉之间相交通联络的称络脉。其小者为孙络不计其数其大者有十五，称十五络脉。《灵枢·经脉》叙述的非常详细。
腧穴为经气游行出入之所，有如运输，是以名之。《黄帝内经》言腧穴者，首见《素问·气穴论》，再见于《素问·气府论》，两论皆言三百六十五穴。实际《气穴论》载穴三百四十二，《气府论》载穴三百八十六。
精气神为人身三宝。精，包括精、血、津、液气，指宗气、荣气、卫气神，指神、魂、魄、意、志。精和气是构成人体的基本物质，气和神又是人体的复杂的功能，也可以认为气为精之御，精为神之宅，神为精气之用。
折叠病机学说
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。
《素问·至真要大论》所说“审察病机，无失气宜“、“谨守病机，各司其属“都是此学说的内容。
1病因:引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六淫“的概括阴阳喜怒乃“七情“的概括饮食居处即“饮食劳倦“。可以认为这就是后世三因说之滥觞。
2发病:正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展，这就是“正气存内，邪不可干“之意。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来“，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚“等，都论证了这一点。
3病变:疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，用表里中外归纳的，用寒热归纳的，从虚实而论者，实指邪气盛，虚指正气衰。概括说来，有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。
折叠诊法学说
望闻问切四诊源于《黄帝内经》。
1望诊:包括观神色、察形态、辨舌苔。
观神色者，如《灵枢·五色》、《灵枢·五阅五使》和《灵枢·五色》所载，这些在临床上都很有意义。
察形态者，是察看人的骨肉皮肤而推断病情，在临床上虚实是错综复杂的，只有知其常，才能达其变。
辨舌苔者，如《素问·热论》、《素问·刺热论》和《灵枢》所载等等。
2闻诊:包括闻声和嗅气味。