新编的大清陆军共三十六个师，其中旗兵变为十个师，除了驻守京畿的两个禁卫师，其余分别是正红、正黄、正白、正蓝、镶红、镶黄、镶蓝、镶白各一师；
再然后是，湘军七个师，淮军五个师，楚军四个师，以及装备了缴获的法国武器的滇军桂军四个师。
这三十个师，加上原来的六镇新军，就构成了新编的大清陆军。绿营、练军和大部分的团练转为地方保安部队或开到边疆去进行军屯。新编的大清陆军的只留下了52万人，方怀倒想像后世那样一个国家动辄几百万的军队，但这无疑是痴人说梦。历史上到一次世界大战爆发前，意大利的常备军都还只有25万，以中国的工业水平甚至连这52万新军三分之一的弹药消耗都制造不出来。在这样的条件下，这么多军队已经是中国能承受的现代军队的极限。
后世对这次军事改革的评价是“其效不彰，其例可援”。在这次改革中，有大量不尽如人意的地方，尤其是已经基本丧失战斗力的八旗兵大部分被保留了下来，而且像义务兵役制等问题也没有解决，但他毕竟开了中国近代军事变革的先河，其中的一些章程，如：士兵年龄必须在十八岁到二十八岁之间，身高必须在五尺（大约1.65米）以上，有抽烟、赌博、嫖娼等恶劣作风问题的官兵一律淘汰以及将士兵的资料严格的登记造册等等，对提高军队的战斗力还是起了积极的作用，在这次改革中，方怀他们甚至仿效西方制定了一部《大清步兵操典》。
方怀立下规矩，改编后的番号是活动的，军饷也是按等级发，番号一到十的师排在第一等，现在只有6支部队，乃是由“护国六镇”改编而来的六个主力师，他们代表第一流的王牌主力师。采用的是“三三”大编制，一个师有三个旅，一个旅有三个团，全师人数超过2万人。只要番号排在后面的师战斗力能超过“护国六镇”，就可以取代他们的番号，即便只是赶上“护国六镇”的战斗力，也可以得到前十的番号。
在方怀看来，军人就应该有不服输的劲头，为此他特地空出了四个番号。
但方怀这么做，不但激励番号排在后面的部队，同样也刺激了排在前面的“护国六镇”。即使在几十年后的二次世界大战中，帝国陆军拥有了几百个主力野战师，但前十的番号依然只有六个师。方怀恐怕没有想到他今日之举，为这个国家培养了六支多么恐怖的部队。
除了一到十的番号，第十一到第二十的番号也是不固定的，他们虽然定位上不如前面的部队，但也代表甲等的主力野战师。基本上采用的是“四四”大编制，即一个师下属两个旅，一个旅下属两个团，加上师属警卫营、炮兵营、工兵营、辎重营，一个师在一万三千人左右。不过然而现在看来，这十个师中，除了其中第十七、十八、十九、二十四个师因为是来自滇军和桂军，装备了缴获的法国武器，具备一定的战斗力外。其它的六个师全是八旗旗营改编过来，完全是一副烂摊子。
如此别别扭扭，好像新媳妇嫁人一样把军制改了也实在是无奈之举。方怀自然知道礼亲王世铎他们死抱着那些不能打仗的军队有什么用。在他们手里，军队就像个生钱的机器，吃空额、走私*片、倒卖枪炮、贩卖人口几乎无恶不作。不过现在要解散旗兵，方怀还真拿不出这笔遣散费。现在三十六个师中，除了滇军桂军改编而来的装备了缴获的法国武器，其它的师就只有原来是新军六镇的六个师装备了新式枪炮。