从工部划出通商衙门，专门管理全国工商和对外贸易，主事之人称通商大臣，而工部以后则专门管理水利、铁路等大型工程的建设；</p>
彻底将外交事务交给总理衙门，礼部以后则主管教育和祭祀之事；</p>
另外，方怀还将自己原来用于反贪，隶属于刑部的监察司和都察院合并在一起成立御史衙门，主事之人称御史大臣，专门负责检举不法之事，类似于后世的检察院。此外刑部今后将只负责各省抓捕犯人之事，审讯之事则交给大理寺；</p>
后世将将方怀这次改革之后的中央主要机构简称为“六部一寺四衙门”。</p>
而在地方，方怀也主要是利用清朝原来的官职。清朝的官僚机构是在中国几千年封建历史中千锤百炼继承下来的，其实有不少科学和合理的地方可以借鉴，只不过因为职能不清，往往出了一件事情，巡抚可以管、布政使可以管、按察使也可以管，各官员都互相推诿，因而造成了政府工作效率的低下。所以方怀做的就是明确各官员的职能，按照省、府、县三级，治理民生交给巡抚、知府、知县；治安缉盗交给提刑、提辖、捕快；监察交给御史、都司、监司，审讯交给按察使、州判、通判；教育交给学台、学监、学政；税务交给布政使、织造、主簿。各官员依旧以巡抚、知府、知县为。</p>
机构改革的结果就是各个派系都在盯着这个巨大的蛋糕，于是如何分它又成了一件令方怀头疼的事。按照方怀的私心里的想法，在新的官僚机构没有形成之前，现在朝廷中的三大派系都是要拉拢的。用洋务派来推行新政，用士林来监督洋务派，用亲贵大臣来平衡两派的势力。按照这样的指导方针，方怀划开了这块蛋糕。</p>
洋务派当然是要重用的，他们现在毕竟还代表着先进的方向。所以恭亲王奕还是总理大臣，兼军机辅；李鸿章也还是户部尚书；而原本一直养病的丁日昌则复出接替崇厚的工部尚书一职；</p>
士林的三个代表人物，李鸿藻任大理寺卿，徐桐接管御史台，正是取其监督的作用，只有思想较为开通的翁同酥被方怀任命为礼部尚书；</p>
亲贵大臣中，礼亲王世铎正式成为吏部尚书，刚毅也升为刑部尚书，成为一颗可以左右局势的棋子；</p>
当然方怀也不会亏欠自己夹袋里的人，彭玉麟出任海军大臣，他的兵部尚书一职由醇亲王奕譞接任，而崇厚则调任通商大臣，其他如容闳升任礼部侍郎，严复出任海军衙门主事，张出任通商衙门主事等。</p>
杨士琦进来的时候，方怀正好在思考这些事情，五年的亲政经历已经将他磨练得越来越成熟了，所有事情都会经过深思熟虑才会决定。</p>
看到杨士琦，方怀微微露出喜色道：“杏城，是不是日本人咬勾了？”</p>
杨士琦头，对于方怀的计划他完全只能用震惊来形容，如果真的成功了，最少十年之内日本将无力为祸，大清也可以得到十年安心展的机会，最重要的是杜绝了日本在这个关键时刻掺和进来的可能，现在英法随时兵临城下，北面俄国也蠢蠢欲动，就是国内也有作乱的苗头，这个时候日本人再搅进来，大清就真的是大厦将倾了。</p>
不过杨士琦还是觉得局势不甚乐观，日本多是压在骆驼背上的最后一根稻草，真正要解决的是英法的威胁，如果大清撑不过这一关，得到四艘一等铁甲舰的日本，十年后将真的成为大清的肘腋之患。但直到现在为止，杨士琦还看不出方怀采取了什么措施。</p>