石亨本来因为违犯了军法被削职，是于谦请求明代宗宽恕了他，让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦。
德胜门一仗的胜利，石亨的功劳并不比于谦大，而得到世袭侯爵，内心有愧，于是上书推荐于谦的儿子于冕。
明代宗下诏让他到京师，于谦推辞，明代宗不准，于谦说：
“国家多事的时候，臣子在道义上不应该顾及个人的恩德，而且石亨身为大将，没有听说他举荐一位隐士，提拔一个兵卒，以补益军队国家。
而只是推荐了我的儿子，这能得到公众的认可吗？我对于军功，极力杜绝侥幸，绝对不敢用儿子来滥领功劳。”
石亨更是又愧又恨，都督张辄因为征苗时不守律令，被于谦弹劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于谦。
公元1457年，明代宗朱祁钰病重，正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有贞迎接英宗恢复了帝位，宣谕朝臣以后，立即把于谦和大学士王文逮捕入狱。
诬陷于谦等和黄囗制造不轨言论，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王，石亨等拿定这个说法，唆使科道官上奏。
都御史萧维祯审判定罪，坐以谋反，判处死刑，王文忍受不了这种诬陷，急于争辩，于谦笑着说：
“这是石亨他们的意思罢了，分辩有什么用处？”
奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说：
“于谦是有功劳的。”
徐有贞进言说：
“不杀于谦，复辟这件事就成了出师无名。”
明英宗的主意便拿定了，正月二十三日，于谦被押往崇文门外，就在这座他曾拼死保卫的城池前，得到了他最后的结局——斩决。
史载：天下冤之！遂溪的教谕吾豫说于谦的罪应该灭族，于谦所推荐的各文武大臣都应该处死。
刑部坚持原判这才停止了，千户白琦又请求写上他的罪行，刻板印刷在全国公布。
政治上，于谦敢于为民请命，严惩作奸犯科权贵，而受到排挤打击。
人家当官前呼后拥，尽显官威，于谦当官便服一套，瘦马一匹，同僚并不以其为谦虚清廉，却说他坏了官场规矩。
军事上，于谦主张兵贵在精，将贵谋勇，用兵贵在临机应变，提倡“将士相习”，“管军者知军士之强弱，为兵者知将帅之号令”，所创团营之制，对明朝兵制影响很大。
文学上，于谦诗作归隐情怀的表达与慷慨悲凉的风貌预示了诗坛风气的转向。
在台阁体流行的高峰期，文人们是忌讳表达激烈的情怀与悲伤的情感的，从而保持了其创作风格的雍容，以便发挥其鸣盛的政治作用。
思想上，于谦重名节，轻名利，重成仁，轻杀身，重社稷，轻君王。
于谦一生都在家里恭恭敬敬地供奉文天祥的遗像和牌位，就像供奉自己于家的祖先一样，甚至比供奉自家的祖先还要虔诚。