虽然英国的两艘战列舰被击沉了。但是战斗却仍然没有结束。这之后不久，天黑下来。黑暗吞没了马耳他附近海>0公里左右的五艘新型驱逐舰。这是英海军总司令为增强战斗力从克里特调来的。“克利”号和“克什米尔”号驱逐舰炮击了加尔布机场。并在海上击沉了两艘德国机帆船。但是，这五艘军舰在撤出德国空军的攻击圈之前，天已经大亮了。第二俯冲轰炸航空团第一大队（大队长希晓尔特上尉）的3架飞机紧追不会，终于击沉了两艘驱逐舰。
1941年222上午七点，英国地中海舰队因损失惨重，撤回亚历山大港。马耳他海空战到此宣告结束。
冯.里希特霍芬将军在他的日记上，对这次战斗作了这样的评价：“这次取得的战果不容忽视。我认为，这是一次具有决定性的重大胜利。经核实，我们击沉了敌巡洋舰六艘、驱逐舰三艘。此外，其他敌舰也吃了无数颗炸弹。这一事实雄辩地证明了这个理论，只要天气良好，敌舰队就不可能在我握有制空权的海域里存在。”从221日到223日，英国地中海舰队的实际损失为：两艘战列舰、四艘巡+驱逐舰被击沉，三艘巡洋舰、四艘驱逐舰和遭重创。其中，尚不包括在近距离爆炸的炸弹造成的伤亡。而德方到第二天为止，共营救出英国水兵五百多人。其中还出动了一部分海上救护机。
英国皇家海军总司令、海军第一大臣坎宁安在考察了亚历山大港上受损的舰船，并且会见了伊丽莎白号战舰上的幸存者。接着他在给发给伦敦的电报中说：“由于敌人的空袭十分猛烈，舰队白天根本不可能在爱琴海或马耳他近海停留。”
尽管如此，伦敦海军总部仍然要求地中海舰队不顾一切风险，不分昼夜，切断通往克里马耳他的德国海上供应线。但是，坎宁安坚持自己的意见，他认为，如果这支舰队今后再受到这样严重的损失，那么，东地中海的制海权就不可能继续保持。因此，他在打给伦敦的电报中说：“现在，我们这支轻型舰队正在走向毁灭。”
尽管在上次斯堪迪纳维亚海战的时候，英国海军也知道了航空兵对舰队的巨大威胁。但这次马耳他海战被认为是空军航空兵以航行中的战列舰为交战对手并将其击沉的首次战例。这在海军战略战术发展史上，也占有相当重要的地位。当人们评论这次海战的时候，所有人都不认为德国人能够此役取胜的主要原因归结为侥幸，他们清醒地看到，这是武器装备的迅速发展必然引起战略战术发生巨大变化的结果。85架飞机约用2小时就把两艘大型军舰干净利落地彻底消灭了，这足以表明航空兵在海战中具有的威力。德国被击落3，27架飞机受损，机组人员21人阵亡。
而相比之下，英国人的损失就相当的惨重。两艘战列舰、三艘战列舰。8艘驱逐舰被击沉（德+l.了一个战果）四艘巡洋舰和六艘驱逐舰造到不同程度的损伤。这么惨烈的损失让本来就已经在米尔比斯克港受到损失的英国皇家海军地中海舰队雪上加霜，原本这个英国第二大舰队拥有三艘战列舰、三艘航空母舰、10艘巡洋舰、26艘驱逐舰。现在经过两次和德国空军的战斗。兵力陡然损失三分之二。其中主力战舰几乎全部损失殆尽（2战列舰被击沉，一艘重创躺在亚历山大的军港里面，而调往地中海的三艘航空母舰有两艘如同难兄难弟一样同样躺在干船坞里面。另外一艘则是老的快要掉牙的百眼巨人号。根本难以堪当重任）而这么一下。就使得英国人字地中海的优势化为乌有。由于地中海地区十分的广阔。再加上苏伊士运河扼守着英国通往其主要殖民地的最便捷的通路。所以，当德国人这么一打。使得英国人无法维持地中海的制海权（虽然，早在二战开始的时候，英国就取消了大部分通过苏伊士运河前往本土的轮船。但是这个地方仍然是重要的运输基地）。