除了武装治安警察外。东线还有大量盖世太保战地秘密警察、党卫军保安处人员、刑事警察、辅助警察等等。这些警察主要隶属于帝国保安总局。德国人还利用当地人组成了维持部队。其人数在1942年初约13万，通常采用营为单位。威廉鲁道夫赫斯最初曾要求大量扩充这种部队。但除了几支死硬反苏部队外。这些部队的战斗力通常很弱，而且德军的军官也认为他们在政治上并不是十分的可靠，甚至还发生了几个营穿越战线投降苏军的事件。出于不信任情绪，为此鲁道夫赫斯在第46训令的补充指示中，取消了扩充命令。基于同样考虑，直到1942年春，鲁道夫赫斯依然不愿意利用卖身投靠的弗拉索夫等苏联叛徒从事宣传以外的工作。他曾私下表示：这些叛徒，要么是些没有骨头地废物，要么是些居心叵测的阴谋家。
最后，根据鲁道夫赫斯的第46号训令，在苏联占领区地所有德国非军事人员，包括帝国青年义务劳动队，铁路职工，农林人员等等，也要配备精良武器，加入清剿行动。这位新的帝国元首特别规定，“在受游击队威胁的地区，不允许有消极或被动参加同游击队斗争的德国人”。根据苏联方面的统计，到1942年初，那些用于对付苏联游击队地德军辅助人员，总数约50万人。这个数字并没有得到更可靠来源地证实。但根据鲁道夫赫斯的指示，大量德国非军事人员也必须参与清剿。
为此德国正规军后方部队和后备部队、德国警察和形形色色地仆从辅助人员，组成了庞大的东线占领力量。依据所在地区的不同（而非完全的隶属关系），这些占领部队，有的听命于德队，有的听命于德国后方占领机构，并不断发动清剿。但这样的清剿的效果并不好。那些苏联游击队非但没有被消灭，反而有愈演愈烈之势。地处白俄罗斯和俄罗斯一部分地区的中央集团军群后方，由于当地居民的民族属性更有利于游击队的活动，导致该集团军群面临的形势尤其严峻，其后方地域司令部1943年5月9日就报告称，仅靠现有的59个警卫或者警察营，根本无法保证漫长的交通线免遭游击队的侵袭。德军为新的莫斯科战役所进行的后勤准备，因此受到了直接影响。
为了彻底消除苏联游击队的威胁，给即将到来的东线春季会战创造一个稳固的后方，德国人决定利用前线平静的有利时机，将一些野战部队暂时撤下来，加强反游击战的力量。这样，连同原有的警卫师在内，德国正规军用来对付游击队的兵力增加到了25个师。
5月中旬，中央集团军群大规模反游击行动拉开了序幕，清剿的重点是布良斯克西南部。德军第2装甲集团军第47装甲军、第55军，第3装甲集团军和第4集团军，实施了代号“吉普赛男爵”、“魔弹射手”、“五月雷暴”和“友邻支援1、2、3”的行动。投入的部队，除了2个警卫师，大量后方警卫警察部队外，还包括从匈牙利步兵第102师，德国步兵第6、7、292、102、707师，第4、5、18装甲师、第10摩托化师等众多野战兵团抽调来的兵员，其中包括坦克分队。在布良斯克地区，投入兵力约4万人，在明斯克地区，投入3万人。连同其他地区投入的兵力，中央集团军群动员的人员可能在10万左右，并且得到飞机火炮，坦克和自行火炮的配合。
对这次大规模的东线反游击行动，无论是苏联政府还是德国的媒体都一致选择了沉默。但是，德军在5月25日宣布的战果为击毙23152名游击队员，俘虏5269人。但行动本身的结果并不理想。一支在中央集团军群下辖的参与围剿的匈牙利军队在战后总结中承认，动用大兵团清剿游击队的效果不明显。我们在战斗中付出了战死800人的很大的代价仍然没有完全的清除那里的俄国反抗力量。清剿行动在5月下旬到来的时候戛然而止。而就在这个月，德国的统计却显示，苏联游击队袭击铁路设施仍然高达292次，摧毁或破坏机车109辆，可见清剿效果的微弱。而根据苏方统计，在4-5月，游击队一共炸毁德军列车1700列。
实际上，轴心国的联军在这一系列的进剿过程中不但没有彻底的扑灭活跃在那里的游击队。他们的某些过火的行动反而更加激起了当地一些俄罗斯民众的反抗力量（德国宪兵对付游击队的方法主要是采取并村的方法，并且如果这个地方出现了游击队，整个村子都会遭到株连。而其他部队，特别是那些辅助的伪军部队这采取了残忍的种族灭绝的政策）所以就目前的情况来看，德国对于越来越热闹的游击战根本无解。