洪武十三年（1380年庚申）
正月以谋反诛左丞相胡惟庸，并兴胡党之狱，株连者一万五千余人。
三月燕王朱棣之国北平。
九月乙巳，万寿节，御奉天殿受朝，宴群臣于谨身殿，后岁以为常。
洪武十四年（1381年辛酉）
七月皇后千秋节，始定皇后朝贺礼仪。
洪武十五年（1382年壬戌）
正月朔宴群臣于谨身殿，始用九奏之乐。
八月马皇后卒。年五十一。定皇后大丧礼仪。谥孝慈。
九月葬孝慈皇后于钟山之阳。
洪武十七年（1384年甲子）
十月册李氏为淑妃，摄六宫事。不久卒，更册宁妃郭氏为淑妃，摄六宫事。
洪武十九年（1386年丙寅）
八月皇太子往盱眙，葬三祖帝后衣冠，加修筑，曰祖陵。
洪武二十年（1387年丁卯）
二月帝阅武于午门外。命自今起，将军、卫士每日习射于午门外。
洪武二十三年（1390年庚午）
四月因涉嫌谋反，赐太师、韩国公李善长死，时年七十七，其家属七十余人皆诛。
洪武二十四年（1391年辛未）
三月封皇子0742』为庆王、权为宁王、楩为岷王、橞为谷王、松为韩王、模为沈王、楹为安王、桱为唐王、栋为郢王、为伊王。
十一月本年八月皇太子奉命巡抚陕西，至是还京师，献上关洛形势图，拟都长安。
洪武二十五年（1392年壬申）
三月豫王桂改封代王、汉王横改封肃王、卫王植改封辽王。
四月皇太子卒，年三十九。
八月葬太子于马皇后陵之右，谥曰懿文。建宗人府、五府、六部、太常司官署于朝门外，东西向，惟三法司仍太平门外。
九月庚寅，册立皇第三孙允炆为皇太孙。
洪武二十六年（1393年癸酉）
正月册诸妃生子者。
二月兴蓝玉案。
洪武三十一年（1398年戊寅）
闰五月八日，帝病危。十日，卒于西宫，时年七十一岁。遗诏，太孙允炆宜登大位。十六日，朱允炆即皇帝位。以明年为建文元年。同日与皇后同葬钟山之阳，名孝陵。上谥号为“太祖钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝，孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。（后有改动）尊母妃吕氏为皇太后。
六月以受顾命之兵部左侍郎齐泰为兵部尚书，太常寺卿，曾伴读东宫之黄子澄兼翰林院学士，同参军国大事。
七月齐泰与黄子澄建议削藩。周王朱以谋反罪名被逮捕。征汉中府教授方孝孺至，擢为翰林院侍讲。日侍帝左右备顾问。临朝奏事，臣僚面议之事，命方就殿中批答之。
八月废周王朱为庶人。又命逮齐王朱榑、代王朱桂、岷王朱楩，燕王朱棣则疑惧。
十月当初随从燕王来北平的僧道衍密劝燕王起兵。燕王称病，但暗自练兵。
十一月帝派工部侍郎张昺为北平布政使??密旨，监视燕王。
十二月燕府长史葛诚，奉燕王命奏事京师。帝召见，问府中事，葛诚以实相报。帝遣还，令其在逮燕王时作内应。王有所察觉。