半夜的熊熊火焰，在山下的坂本城可是看的一清二楚，整个比叡山化作一片通红的火海，仿佛地狱中描写刀山火海的可怕静香，山上隐隐传来的哭号声将睡梦的町民唤醒，包括远处的大津、坚田乃至京都都可以看到这团火焰之山。
无论是何信仰的人们都在默默的为山上枉死的生灵祈祷，没多久就看到从大火与屠杀中侥幸逃脱的延历寺僧众连滚带爬的跑下山，这些僧众一到町内就被迅速控制，倍受惊吓的僧众们也说不清到底发生了什么，除了形容火海和杀戮的一揆军之外什么也说不出来，这场灾难来的太快太急远远出乎他们的预料。
吉良家早在一向一揆军蜂起的之前就已经明确得知情报，在一向一揆军前脚坚田，吉良家的军势就赶到他们的大本营，把其中的钱粮物资、武器装备等查抄一空，留守老巢的一揆众的亲眷及所有涉案的人员通通异地关押，同时命令星野传令高岛国人警戒高岛郡方向一向一揆军逃窜乱入。
而坂本町附近则被吉良军势团团围住，就连町民们也自发加入保卫城下町的防卫中，刚到三更时分比睿山就亮起一片红光开始，吉良家的军民紧张的盯着山上的动静，随着火势越来越旺喊杀声也越来越响，这次连坂本町附近的港口内暂居的商旅们也被惊醒，包括来往一些文化人聚集在町内小声议论到底发生什么事。
经过一个多时辰的喊杀山上的动静越来越近，从曰吉大社下山的参道上陆续出现不明人员向坂本逃窜，吉良军势当即擒下这些不明身份的人员，又过半个时辰出现一支数百人的队伍，他们也看到满是火把的坂本町严阵以待，这群军势二话不说掉头向北逃窜，吉良军也没有盲目追击，仍然选择町下待机。
直到凌晨四点左右，一堆溃兵从谷内逃出，他们中有些人还举着“厌离秽土,欣求净土”，“南无阿弥陀佛”或者“卍”字旗，这些溃兵似乎想朝坂本城方向靠拢，但还没走多远就城下町布置的铁炮队一通齐射吓回去，于是这群溃兵也跟着调转方向朝北逃窜。
在溃兵向北逃窜的同时，一长串火把逐次出现在山谷口，他们看到坂本城外的吉良军势稍稍停顿一下，立刻就有一名武僧跑过来气势汹汹的喝道：“你们看到逃兵往哪退散的”
吉良军势对此显得很淡定，随手指着北方渐渐消失的火光回答道：“北面！你们还能看到火把！现在追还来得及！我们还抓了许多不明身份的人，也一并交给你们！”
这名武僧摆摆手一路小跑着回去传令，不过片刻比叡山的僧兵就朝北方追过去，又过了会儿才有一对僧兵过来接收吉良家扣押的不明人员，吉良军也随之就地解散回去继续休息，吉良义时甚至根本没出天守阁，只是揉着眼看会儿比叡山的火势就躺倒继续睡。
直到在当天下午才陆续传来消息，近江的一向一揆军在北岭比叡山延历寺放了一把火，烧死多少人暂时还没统计出来，但是预计死亡人数将突破两千人，而一揆军也丢下了八百具尸体向北近江逃窜，延历寺东塔过火面积超过近百町，大火一直烧到中午才基本扑灭。
当然这一切与吉良义时的关系不大，他只是派人去慰问一下，送出了价值几百贯的药品和食物然后就没下文，此次事件的影响力可以说是巨大的，这被视作是一向宗对近畿五山的挑衅行为，对“佛教母山”延历寺的烧讨简直堪比杀死足利义教一般在近畿地区立刻引起一场大地震。
天台座主尧尊法亲王出离的愤怒，这简直是奇耻大辱，就算当年足利义教也不敢烧掉延历寺，这群无法无天的一揆军竟然真敢冒天下之大不韪，天台宗的一干僧众也坐不住了，他们瞟一眼根本中堂内空置的位置，这些座位的主人昨曰还和他们一同谈笑，今天就葬身火海或被一向宗暴徒讨死，这让他们不禁生出物伤其类的感觉。
于是天台宗有史以来最快的一次决议只用一刻钟就被拟定，尧尊法亲王以天台座主的名义下达讨伐一向宗的法旨，畿内所有一向宗势力均在打击范围之内，石山御坊的本愿寺证如躺着中枪，这也是继他的曾祖父本愿寺莲如之来，一向宗再次被指为“佛敌”。
不仅如此，尧尊法亲王还亲自出山，带着一干僧兵抬着山王权限的神舆强诉朝廷幕府，强硬的要求幕府出兵剿灭石山本愿寺，京都震动近畿震动，不到几曰时间延历寺遭一向一揆无故烧讨的事件如长了翅膀一样传遍天下。