深沉的夜对于三好家是一个结束，但对于服部保长却远没有到结束的时候，夜半三更独自一人撑着雨伞站在满目疮痍的二条御所里，看着几十个忍者披着蓑衣在雨水里发掘尸首，看到几个时辰前依然美丽的御所变成废墟，幕府将军一朝命丧黄泉，即便铁石心肠也要为之动容。
“太惨了！实在太惨了……”服部保长默默的盯着忍者们把死者的尸体一一摆放在水洼里，暗叹道：“残酷的让我保长也无法忍受，室町幕府两百年的基业就这么毁在那杀兄弑君的蠢材手里了！实在太可惜了。”
幕府完了，这是看到现场废墟后每一个武士的心里话，不论室町幕府曾经多么辉煌灿烂，都终结于足利义辉之死的那一刻，无论将来足利义秋有多大的能耐重振声威，都无法掩盖他杀兄弑君的恶名，他的名声完了，他的后代失去正统性，他已经失去成为将军所应有的基本品德。
事实也确实如此，当第二天一大早三好家发觉二条御所里的尸体不翼而飞的时候，每个人都知道自己被狠狠的摆了一道，足利义秋气的暴跳如雷，在床上拍着榻榻米折腾半天，最后还是撑不住患上感冒风邪、发热头痛的病症，除了躺在床上不停的咳嗽，完全没有任何的办法。
松永久秀也病倒了，他比三好三人众敬业的多，扛着大雨没有选择躲起来，于是就享受起足利义秋同病相怜的待遇，本来这也不失为接近足利义秋的好机会，奈何他的儿子松永久通捅了大娄子，需要直接承担“暗杀”将军的恶名，恶劣的局势让他难以安心的待在床上休息。
与此同时，二条御所的惨案终于散播开来，服部保长利用发达的情报网，迅速把昨日里足利义秋率军攻打二条御企图篡夺将军之位。并亲手逼死嫡亲兄长足利义辉，眼睁睁看着母亲庆寿院自杀的消息传扬开来。
更妙的是这不是谣言，而是真凭实据的事实，足利义辉及其母庆寿院、其侧室小侍从，以及谱代家臣等数百口的尸体，全部安葬在京都相国寺塔头光源院内，相国寺住持亲自前往光源院为死去的征夷大将军做水陆法会。更进一步佐证这一事件的真实性。
待头昏脑胀的三好家发觉情况不对准备辟谣的时候，京都大内里的正亲町天皇下诏慰问可怜的足利义辉以及他的遗孀近卫贤子，朝廷里以従一位关白左大臣近卫前久为首，文武百官数百人浩浩荡荡的前往光源院吊唁逝去的将军。
大概是基于唇亡齿寒的心里，这次京都公卿们的意见出奇的团结，哪怕是近卫前久的政敌二条晴良也没有选择在这个时候给他上眼药。毕竟幕府这二十年来给朝廷带来的好处多不可数，正亲町天皇不用学他父亲后奈良天皇卖字养家，堂堂権大纳言也不用满街兜售自家菜地里的新鲜蔬菜，日子过的优渥舒坦到是一方面，更重要的是公卿们的体面总算保住了。
来自京都各界的善男信女，领受过幕府大恩的公卿、武士、僧侣、文化人等自发的来到光源院凭吊死去的征夷大将军，曾有人写下悼词：“君为将军名震天下盖四方豪杰。盛年战殁基业尽毁一朝荣华散。”
足利义辉得到的戒名为光源院融山道圆，这个戒名算作为他的一生划上一个不太完美的句号。
在吊唁的过程中，来自四面八方的武士越来越多，难免会有人内外讽刺足利义秋的恶行，对此他也只能听之任之不敢有丝毫的针对之策，他更关心的是理顺现在的乱局，尽快结束由于二条御所出事而引发的“骚动”。
这场“骚动”被称作永禄大逆，完全不像足利义秋轻描淡写所说的样子。足利义辉被杀那么大的事情又哪里是他一个人就能掩盖的，随着正牌将军死在二条御所里，使得京都的局势立马变的扑朔迷离。
这毕竟不是一百二十多年前的嘉吉之乱，足利义教时代的室町幕府强大无比，即使将军死掉依然有三管领联手推举足利义教的嫡子担任将军，即便有土一揆这种小插曲也无法改变幕府依然稳如泰山的事实。
一百多年前毕竟是旧事，在经历过应仁之乱、明応政变、船冈山之战以及江州大树、堺大树两统叠立的尴尬。幕府将军像走马灯似的换个不停，从将军出尔反尔泼出去的水强行收回来，到幕府管领为一己之私废立将军，都在说明幕府正以大步流星的速度衰退着。
幕府衰退的重要标志是对地方领国的控制力大大衰弱。许多领国自应仁之乱结束就再也没有任命过守护，守护空缺八九十年意味着许都领国缺少正统合法的权威，此时再出现将军被杀的局面，就很难再重现当年几位管领找幕府重臣以及几个有力守护一商量，就把拥立将军的事情给办下来的顺利景象。
忽然间京都的民众发觉幕府将军难产，不是因为幕府找不到没有合适的继承人，而是这个合适的继承人刚刚参与谋杀兄长的恶毒之事，人们不能接受一个道德有严重瑕疵的将军，这样的将军更加不能让天下的武士感到安心，更不用提关东那条巨龙的态度。
面对这种不利局面，足利义秋感到非常焦急，原定计划是足利义辉主动认他做养子，然后顺顺当当的接任将军并把兄长送到寺院里“隐居”即可，却不想闹出这么大的恶事让人痛苦不堪，但是事情还是得做，大病初愈就急忙找到朝廷申请征夷大将军。
身为关白的近卫前久毫不犹豫的拒绝他的请求，理由是朝廷不能接受他这个杀兄弑君的新将军，别说征夷大将军不能给，就是左马头也不能给他，这是当着满朝文武的面前红果果的一巴掌抽在足利义秋的脸上，让他顿时就记起自己嫂子就是近卫家的女儿，近卫前久这个混蛋迎娶的恰恰就是足利义时的妹妹，恨屋及乌就把他也给恨上了。
近卫前久不给面子，那就想办法把这个关白给撵下台。于是足利义秋就找到二条晴良告诉他自己的打算，二条晴良早就想夺回关白之位，于是两人一拍即合同时在朝廷和京都发难，足利义秋把近卫御所给围住，污蔑他窝藏杀害将军的案犯，强行要索拿人。
他们自己弄死足利义辉，再贼喊捉贼血口喷人的污蔑。当然是抓不到任何案犯的，一大群武士大剌剌的在近卫御所转了一大圈没抓到人，却不忘顺势掳掠近卫家的金银珠宝作为“矢钱”缴纳，这笔“矢钱”足有两万贯之多，乃是足利义时历年赠予以及近卫家商屋的盈利，就这么被一帮粗鲁的武士给劫掠一空。
近卫前久气的浑身发抖。万万没想到足利义秋竟然这么狠毒，更糟糕的是他的父亲近卫稙家给气的发病了，被这一帮恶徒闯进家里搜罗金银珠宝作为“矢钱”给气的脑中风，在家里渡过三个艰难的夜晚还是死掉，这比血债又被记载足利义秋的身上。
足利义秋已经决定清理他兄长足利义辉留下的关系，才不会在意近卫家和他有多少亲戚关系，就趁着近卫前久家中治丧的机会。联合二条晴良参他一本妄议幕府毁谤将军，逼迫在家守孝的近卫前久辞去关白左大臣的职务，二条晴良也顺势再次担任关白。