不过阮元却也无法因此轻松下来，秋去冬来，阮元多方延引名医为阮承信诊治，也让阮承信的情况有了些好转，至少当日那种巨痛之感，已然渐去。但阮承信却一直感觉双腿无力，无法正常行路，医生也言及阮承信之病，究其根本乃是年迈体衰，血行不足之故，只得卧床调养。一家人平日自是尽心照顾，却始终不能让阮承信复原。
嘉庆九年之冬，阮元也继续清理杭州水道，将城中流福沟渐渐疏浚，城外西湖河口，以及西湖淤泥多处，也都一一开掘清除。到了冬末，杭州水道终于渐有起色。这时叶机也因连番平盗有功之故，被阮元再一次叫到了杭州。
“叶教谕，去年你协助剿捕海寇，辛苦你了。”阮元主动对叶机道：“而且这两个月，你在温州协助李镇军拦截黄葵，也自有功，凭你这些功绩，我足以上报皇上，若是沿海知县有开缺之位，便让皇上优先补你为知县，如何？”这时温州总兵换成了李景曾，阮元便以李镇军称之。
“中丞，下官为教谕不过两年，所办不过该办之事，中丞却为何要如此提拔下官呢？”叶机也自谦道。
“叶教谕，你所办之事，早已超过了许多碌碌无为的知县，眼下沿海之地，也是最缺能人的时候，你在那里也算颇有人望，加封你做知县，也能让你在那边更好的施展自己才干不是？”阮元的想法倒是非常坚定。
“既然如此，那下官也谢过中丞了。”叶机对阮元拜道。
“且慢，你不用这样着急谢我，今日我叫你来，也是有一桩不解之事，还望你这一次可以对我说一句实话。”阮元的言语却突然郑重了起来，续道：“四年前我与你在海滨相识，我曾问过你为何身为一介生员，却频繁在沿海各府县与人交游，你说读万卷书，不如行万里路，这话我可以信你。但我这几年却也发现，其实沿海不少保长甲长，与你关系都不错，虽说其中也有家世贫寒之人，可能做到里长甲长的，大多家资还算丰厚，我这也没说错吧？叶教谕，你当年多与海滨富户有所交往，恐不是行万里路这样简单吧？若是你果然有了难为之处，我看在海滨，可以一呼百应啊？”
“中丞大人，您这话的意思是……”叶机看来果然也有些紧张。
“我相信你，至少眼下的你，没有背反朝廷之念，你做这知县，我看海滨百姓，也自然可以信服。但今日这抚院瀛舟，只有你我二人，所以我想听你说几句实话。哪怕我来杭州之前，你所行交往之事，也果然只是为了增广见闻，却毫无对官府、对朝廷不利之念吗？”阮元之言，句句让叶机如坐针毡，可看阮元面色时，却是一如既往的和善，似乎即便叶机在书斋里说出一二不轨之语，阮元也不会向外人透露。
“这……既然中丞话都说到这个份上了，那下官也有一句话想先问过中丞，中丞给下官一个解释，下官自然将实话全盘托出，如何？”叶机问道。