万历四十六年四月底，中华军北线部队撤离京津卫地区。五月初，中华军撤离蓬莱水城，但依旧占据了辽东半岛南部的金州、旅顺地区，以及渤海湾中的岛屿。
当月，大批徐鸿儒白莲教造反军进攻曲阜，被官军打败后，大批逃难者逃向山东与南直隶交界的日照臼港沿海，中华军水军北方舰队第三分舰队押运大批货物路过，毅然靠岸接应，救走了五千余难民。
明朝廷言官指责中华军破坏和议，被方从哲鼓动浙党、楚党强力把这股批评风潮压制下去。同时，方从哲信催促徐光启迅即与中华公司当成和议。
六月底，大明朝廷与中华军总统领尹峰签订秘密的和平条约。同时，内阁辅方从哲在朝堂之上宣读了一份公开的、双方主持谈判者亲笔签署的《南京协约》：中华公司向朝廷献版籍归降，推出两京所有占领区。同时，朝廷开海禁，允许中华公司经营海外贸易。在公开的宣传中，方从哲有意忽略了关于除南京外的江南占领区的问题。
在双方密约中，方从哲准许中华公司的商人享有特许经营权，除按章纳税外，官府不再会对他们进行和买、强行捐纳等。而且，关于尹峰称王的要求，方从哲通过徐光启，含混地答应会为他争取。
尹峰在与朝廷后期的谈判中，也不再强调封王一事，只要让他占据江南这块地方就行，无需说明名义上的东西，他只要实实在在的利益。
中华军撤离南京，同时从安庆、芜湖等地撤离，也从江北的扬州一带撤离。但是，中华军继续占领者吴淞口，从南京东面的句容往东南，金坛、溧阳直到太湖北岸，这一条线以东，中华军继续控制着。中华军倒是从苏州府撤出了，但是他们就在苏州府城以北建筑了一处炮垒。太湖以东的昆山、青浦、金山，都有中华军驻守，并且利用本地四通八达的水上通道，建立了严密的水上巡防制度。在江南控制区，中华军驻扎了新编成的第四师一万五千人，协同两支分舰队五十余艘炮舰战船，包括配炮七十五门的飞龙号主力舰。
第四师的兵力，一半是麦德第二师的部队抽调的，基干兵力就是参加南线战斗的第二师第七团，其余的是由原属台湾驻防军的庄丁队整编而来，还有就是海南土著营及本地招的少量辅助兵。第四师师长由麦德担任，第二师师长转由杨大成担任，将移镇北方琉球群岛，训练最近从华北、山东、辽东等北方地区招收的北方新兵，这些新兵和原第二师的成员，以后将主要在北方作战。
麦德出战的次数不多，原第二团“烈风团”的骨干已经分散到了第二师和第四师等好几处，但是他训练部队按部就班、一板一眼，绝无松懈，因此他的部队一直是纪律严明的强军。他本人以稳重著称，主动出击精神不够，但是守御有方、临战决策果断，而且他为人和善、善于和人沟通。这一点很重要，因为，中华军的江南控制区大总管是陈衷纪，副总管曹泰，都是和麦德一样，是尹峰亲手缔造的中华军中第一批将领。
大明朝廷急着要对付东北的危机，中华公司急着要对南洋全面动手，双方这才达成了那份荒唐的协约，一份亘古未有的，朝廷和商人叛乱分子的和约。
颜思齐的第五旅是最先撤离江南的南线参战部队。他们坐上船一直南下，穿过台湾海峡，掠过吕宋以西洋面、在西婆罗洲南崖州靠岸后，接受了本地驻防军金矿护矿队十六个哨队的兵力，完成整编后，第五旅共有四个团六千余人。其中，第四团的一个营长是全中华军最年轻的营长，名字叫郑芝龙，今年16岁，实际上还未完成军校指挥科的学业。
第五旅的行军和整编都是非常仓促的，其原因就是南洋战乱又起。
赵宣明的南洋旅需要防守的地方太多了，除了西婆罗洲、还有苏拉威西岛、苏门答腊、帝汶爪哇等各中华殖民地需要防守。他的部队老底子是守澎湖风柜尾寨的第四团老兵们，如今大量的内地移民、南洋华侨子弟加入部队，原先那种坚忍的“铁壁团”作风虽然有些稀释，但是基本功还在。南洋殖民地驻守部队的根本问题也在这里，善于防守、不善于进攻。星罗棋布的殖民地驻防堡垒使得南洋旅兵力分散，除了爪哇的井里汶城南洋旅总部，赵宣明直属的一个团1ooo余人是战略机动部队外，其余部队分散在各殖民地，战线拉得太长。
由于国内战争的原因，第三舰队南洋舰队还是抽调了一些舰只北上，去支援台湾和南线部队。中国国内在打内战的消息也传开了，南洋的中华公司兵力空虚，这是毫无疑问了。荷兰、法国、英国以及各南洋土邦都动了心思，开始乘火打劫。