葡萄牙人如今只能靠中华公司的帮忙才能维持澳门的经营，而且葡萄牙人和荷兰人积怨太深，因而此次南洋危机他们和中华公司站在了一条线上。
荷兰人联合英国人、法国人即将在南洋动手的消息，在半年前就通过澳门葡人传到中华公司商情部。两个月后，随着西南季风回来台湾的中华公司商船，陆续带来了爪哇、亚齐、马六甲等各处南洋战略要点全线开战的消息。今年来台湾的荷兰商船和英国船减少了很多，这也证明了局势的紧张程度，大约有四十多艘中华公司商船在巴达维亚、泗水、苏拉威西、帝汶被扣押。
英国人和法国人都是南洋这盘棋局上的后来者，和葡萄牙人、荷兰东印度公司、中华公司曾经打过一阵混战。他们乘着中华公司和母国打内战，想要改变棋盘的局面。
尹峰是绝不会允许这样的情况生。南洋这块地方，华人是最早的殖民开拓者，只是因为没有国家为后盾、力量松散和内讧太多，才会在后世被西方人全盘控制。即使是在后世，南洋的经济命脉八成掌握在华人手中，脱离了华人的辛勤劳动和贸易往来，所有的西方殖民政府都会垮台。例如，尹峰穿越前的那个时空中，西婆罗洲的金矿产业，是最早的开拓者华人建立起来的。金矿业在华人手中能够兴旺达，当荷兰人把兰芳公司等华人公司赶走后，却怎么也没法经营下去，最后都破产了。一直到二十世纪，西婆罗洲的基础设施还是华人留下的基础上建立起来的。
在这个时代，华人象工蜂一样劳动，西方殖民者和土著坐享其成，这种情况绝不会生了，中华公司和尹峰的目标是：把南洋变成中华的内海。
尹峰布置好留守江南的人手后，等不及陈衷纪从北方过来交接职务，就带着最新的威远舰和李星的第三师第六旅主力5ooo人，搭乘海魂、海胆号以及新兴号，从吴淞口出，逆风驶向台湾。
半个月后，他带直属亲兵营在台北登陆，船队继续南下吕宋，去镇压那里的倭人、土著人天主教徒叛乱。
尹峰留在台湾，着手开始整编中华军部队。
这是中华军从成立护卫队算起，第五次整编了，而且还是在战争时期进行整编。
尹峰的半吊子军史专家搞出来的军队体制，一开始为了对付西班牙人，模仿的是荷兰人莫里斯、后期转向学习后世的瑞典古斯塔夫。随着燧火枪的运用，以及军校教育、自主的火器研生产体系的建立，现在的中华军已经展到开始大量运用大炮、以火力输出为主、刺刀白刃冲锋为最后一击，近似法国大革命前的火器战术。开得过于前的金手指，使得尹峰也没法把握中华军的一些展方向了，编制、战术、士气、训练、后勤、情报等各项军队要务都处在不停的变化过程中，一切都处在摸索过程中。
近期与朝廷的作战过程中，尹峰现自己的部队在击溃朝廷军队方面做得很好，但是按部就班的一字长蛇阵，尤其是横队与线式队形，在击溃明军后，却无法迅包抄围歼明军。所以，中华军屡屡击败明军，但是以击溃战为多，少有歼灭战，作战方式比较呆板。
四哨为一个营，四个营一个团，三团为一个旅，两个旅一个师，这样的编制在更大规模作战时，还是显得很呆板，师长对于部队指挥，实际上战术选择余地很少。在当时通讯条件下，编制太大的部队，在战斗时根本没法做出什么临时的战术调整，只能按照战前部署打到底，或者就看本队指挥员的临场挥了。可惜，尹峰对于培养这样的将才和帅才人物，拿不出什么好得办法，只能在实战过程中去掘这样的人才。中华军的军校教育，现阶段能做到基干军官的养成训练，培养提高基层军官的素质，就已经很不错了。
赵铁第一师主力除留守辽东半岛南部的第二团之外，主力已经全部调回台湾。整编就从第一师开始，但赵铁有点不满意，缠着尹峰要求去南洋作战。